"Muv-Luv Alternative: Total Eclipse" ist eine Anime-Serie, die in einer alternativen Zukunft spielt, in der die Menschheit seit den 1970er Jahren gegen eine außerirdische Spezies namens BETA (Beings of the Extra Terrestrial origin which are Adversary of human race) kämpft. Die BETA haben große Teile der Erde erobert, und die verbliebenen menschlichen Nationen setzen auf riesige humanoide Kampfmaschinen, sogenannte Tactical Surface Fighters (TSF), um sich zu verteidigen.

Die Handlung konzentriert sich auf Yūya Bridges, einen jungen japanisch-amerikanischen TSF-Piloten, der aufgrund seiner gemischten Herkunft sowohl in Japan als auch in den USA mit Vorurteilen konfrontiert ist. Yūya wird als Testpilot für das neue TSF-Modell "Shiranui Second" nach Yukon, Alaska, versetzt, wo er an einem geheimen Projekt zur Entwicklung fortschrittlicher Waffensysteme teilnimmt. Dort trifft er auf die talentierte, aber emotional distanzierte japanische Pilotin Cryska Barchenowa, die ebenfalls am Projekt beteiligt ist. Die beiden müssen trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten und kulturellen Hintergründe zusammenarbeiten.

Im Verlauf der Serie wird die Dynamik zwischen Yūya und Cryska sowie anderen Piloten wie Inia Sestina, einer jungen sowjetischen Pilotin, und Tarisa Manandal, einer temperamentvollen thailändischen Soldatin, näher beleuchtet. Die Charaktere müssen nicht nur mit den Herausforderungen des Kampfes gegen die BETA umgehen, sondern auch mit internen Konflikten, politischen Intrigen und den moralischen Dilemmata des Krieges.

Die Serie verbindet Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, wobei der Fokus auf den zwischenmenschlichen Beziehungen und den psychologischen Auswirkungen des Krieges liegt. Die Handlung entwickelt sich von anfänglichen Trainings- und Testmissionen hin zu größeren Konflikten, bei denen die Protagonisten gezwungen sind, ihre Fähigkeiten und ihren Zusammenhalt unter extremen Bedingungen unter Beweis zu stellen. Dabei werden auch die globalen Auswirkungen des Krieges gegen die BETA sowie die politischen Spannungen zwischen den menschlichen Nationen thematisiert.