"Strike Witches: The Movie" setzt die Handlung der gleichnamigen Anime-Serie fort und spielt in einer alternativen Welt, die von mysteriösen Kreaturen namens Neuroi bedroht wird. Diese feindlichen Wesen haben bereits große Teile Europas überrannt und stellen eine existenzielle Bedrohung für die Menschheit dar. Um gegen die Neuroi zu kämpfen, wurden spezielle Einheiten gebildet, die sogenannten "Strike Witches". Diese Mädchen sind mit magischen Fähigkeiten ausgestattet und tragen mechanische Beinprothesen, sogenannte "Striker Units", die es ihnen ermöglichen, zu fliegen und effektiv gegen die Neuroi zu kämpmen.

Die Handlung des Films beginnt einige Zeit nach den Ereignissen der Serie. Die 501st Joint Fighter Wing, eine Einheit der Strike Witches, hat die Neuroi erfolgreich zurückgedrängt und Europa vorläufig befreit. Die Mitglieder der Einheit, darunter Yoshika Miyafuji, Lynette Bishop und Mio Sakamoto, haben sich vorübergehend getrennt und leben ihr eigenes Leben. Doch die Ruhe währt nicht lange, als eine neue Bedrohung auftaucht: Ein riesiger Neuroi-Kern erscheint über der Nordsee und droht, die Welt erneut ins Chaos zu stürzen.

Yoshika, die mittlerweile als Ärztin arbeitet, wird von ihren ehemaligen Kameradinnen kontaktiert, um sich erneut der 501st anzuschließen. Zusammen kehren sie in den Kampf zurück, um die neue Bedrohung zu bekämpfen. Der Film konzentriert sich auf die Zusammenarbeit und die Freundschaft der Strike Witches, während sie sich auf eine gefährliche Mission begeben, um den Neuroi-Kern zu zerstören. Dabei müssen sie nicht nur ihre Fähigkeiten unter Beweis stellen, sondern auch mit persönlichen Herausforderungen und emotionalen Konflikten umgehen.

Die Charaktere bleiben den Zuschauern aus der Serie vertraut, wobei Yoshika Miyafuji als Protagonistin im Mittelpunkt steht. Ihre Entschlossenheit, anderen zu helfen, und ihre Fähigkeit, ihre Kameradinnen zu inspirieren, spielen eine zentrale Rolle. Lynette Bishop, ihre engste Freundin, unterstützt sie dabei, während Mio Sakamoto als erfahrene Anführerin die Gruppe führt. Weitere Mitglieder der 501st, wie die temperamentvolle Perrine H. Clostermann und die ruhige Erica Hartmann, tragen mit ihren einzigartigen Fähigkeiten und Persönlichkeiten zum Erfolg der Mission bei.

Der Film kombiniert actionreiche Luftkämpfe mit emotionalen Momenten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen. Die Handlung betont die Bedeutung von Teamarbeit und Zusammenhalt, während die Strike Witches gegen eine überwältigende Bedrohung kämpfen. Die finale Konfrontation mit dem Neuroi-Kern stellt die Mädchen vor ihre größte Herausforderung und testet ihre Entschlossenheit, die Welt erneut zu retten.