"PERSONA 5 the Animation" ist eine Anime-Adaption des gleichnamigen Rollenspiels, das die Geschichte von Ren Amamiya, einem Schüler, erzählt, der nach einem falschen Vorwurf wegen eines Angriffs an eine neue Schule in Tokio versetzt wird. Dort trifft er auf eine Gruppe von Schülern, die gemeinsam die Fähigkeit besitzen, in die Metaverse einzutauchen, eine alternative Dimension, die von den verzerrten Wünschen und Begierden der Menschen geformt wird. In dieser Welt manifestieren sich die dunklen Gedanken der Menschen als Schatten, und ihre Herzen können durch die Veränderung ihrer Paläste, symbolische Darstellungen ihrer inneren Wünsche, beeinflusst werden.

Ren und seine Freunde bilden die Gruppe der "Phantom Diebe", die es sich zur Aufgabe gemacht haben, die Herzen korrupter Erwachsener zu stehlen, um sie zur Reue zu bewegen und so Gerechtigkeit in der realen Welt wiederherzustellen. Jeder der Hauptcharaktere besitzt eine einzigartige Persona, eine Manifestation ihrer inneren Stärke und ihres Willens, die sie im Kampf gegen die Schatten einsetzen. Zu den zentralen Figuren gehören Ryuji Sakamoto, ein ehemaliger Leichtathlet mit einem aufbrausenden Temperament; Ann Takamaki, ein Model mit einem starken Gerechtigkeitssinn; Yusuke Kitagawa, ein exzentrischer Künstler; Makoto Niijima, die kluge und pflichtbewusste Schülerratspräsidentin; Futaba Sakura, ein technisch begabtes Mädchen mit sozialen Ängsten; und Haru Okumura, eine zurückhaltende Erbin eines großen Unternehmens.

Die Handlung entwickelt sich um die Missionen der Phantom Diebe, die sich gegen verschiedene Antagonisten richten, darunter Lehrer, Geschäftsleute und Politiker, die ihre Macht missbrauchen. Dabei decken sie immer tiefer liegende Verschwörungen auf, die mit der Metaverse und der realen Welt verbunden sind. Ein wiederkehrender Gegenspieler ist Goro Akechi, ein Detektiv, der die Phantom Diebe jagt, während er gleichzeitig seine eigenen verborgenen Motive verfolgt. Die Serie thematisiert Themen wie Rebellion, Identität, Moral und die Auswirkungen von Machtmissbrauch, während die Charaktere mit ihren persönlichen Konflikten und Entwicklungen konfrontiert werden.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Metaverse und die Fähigkeit, Personas zu beschwören, eng mit den inneren Kämpfen der Charaktere verbunden sind. Die Handlung gipfelt in einer Konfrontation mit einem übergeordneten Feind, der die Kontrolle über die Realität selbst anstrebt, und die Phantom Diebe müssen ihre Kräfte vereinen, um die Welt vor einer düsteren Zukunft zu bewahren. Die Serie bleibt dabei eng an der Vorlage des Spiels, bietet jedoch eine komprimierte Darstellung der Ereignisse und Charakterentwicklungen, die für die Anime-Form angepasst wurden.