Es gibt keine Live-Action-Fernsehserie mit dem Titel Watari the Ninja Boy. Allerdings wurde 1966 ein Live-Action-Film basierend auf der Manga-Serie Watari von Sanpei Shirato veröffentlicht. Die folgende Zusammenfassung basiert auf diesem Film.

Im Japan des 16. Jahrhunderts ist die Provinz Iga durch eine erbitterte Fehde zwischen zwei rivalisierenden Ninja-Clans, den Momochi und den Fujibayashi, gespalten. Dieser Konflikt wird von den Clanführern absichtlich aufrechterhalten, die einen geheimen Todeskodex geschaffen haben, um die niederrangigen Ninja, bekannt als Genin, gespalten und unter Kontrolle zu halten. Um ihre Reihen zu füllen, werden Kinder entführt und gezwungen, in harten Ausbildungslagern zu trainieren, die über das Gebiet verstreut sind.

In diese unruhige Landschaft kommen zwei wandernde Ninja, ein einbeiniger alter Mann namens Shikanme und sein bemerkenswert geschickter junger Enkel, Watari. Watari, ein Junge, der eine kleine Axt führt und über mystische Ninja-Fähigkeiten verfügt, freundet sich schnell mit einem jungen Ninja-Auszubildenden namens Kazura an, der eines der Ausbildungslager leitet. Watari erkennt, dass die Existenz dieser Lager den Nachschub an Genin reichlich und ihr Leben entbehrlich hält, und er bittet Kazura, sein Lager nicht weiter zu betreiben.

Kazura hat eine Schwester namens Tsuyuki, die ihren Freund Kojiro heiraten möchte. Der einzige Weg für sie, zusammenzukommen, ist, das Ninja-Leben aufzugeben und Nukenin, also Ausreißer, zu werden. Clanführer Momochi bietet ihnen eine Chance, ihre Freiheit und Heirat zu verdienen: Sie müssen in die Festung Samidare eindringen und ihren Herrn ermorden. Diese Mission ist jedoch eine Falle. Dort erwarten sie die Sechs Iga-Ninja, eine Gruppe farbcodierter Krieger, die jeweils eine ausgefallene Superkraft besitzen. Tsuyuki und Kojiro werden beide getötet. Kazura, der seine Schwester rächen will, folgt ihr zur Festung und wird gefangen genommen.

Watari geht zur Festung Samidare, um seinen Freund zu retten. Er kämpft gegen die Sechs Iga-Ninja und setzt seine übernatürlichen Fähigkeiten ein, um sie einen nach dem anderen zu besiegen, darunter eine Technik namens Oboro no Jyutsu, die mehrere Abbilder von ihm projiziert. Mit der Hilfe seines Großvaters Shikanme gelingt es Watari, die sechs Ninja auszulöschen. In einem letzten Akt der Rache schleicht sich Kazura in die Fujibayashi-Festung und sprengt sie in die Luft, wobei er sich selbst opfert.

Kojiro, von dem man glaubte, er sei tot, wird von Shikanme gerettet. Er deckt die Verschwörung im Herzen des Clankrieges auf: Tateoka no Dojun und der Vize-Anführer Otowa no Jyoto entpuppen sich als dieselbe Person. Dieser Drahtzieher arbeitete mit Momochi zusammen, um den Iga-Clan absichtlich zu spalten und so die Herrschaft zu erleichtern. Watari, der seine Freunde gerächt und die Wahrheit hinter dem korrupten Ninja-Kodex aufgedeckt hat, setzt seine Reise fort.