Die Strohhut-Piraten nehmen Kurs auf das Wüstenkönigreich Alabasta, ein Land mit reicher Kultur und atemberaubender Architektur, das nun am Rande eines Bürgerkriegs steht. Prinzessin Vivi, die mit der Crew gereist ist, eilt nach Hause, um ihr umkämpftes Heimatland vor der Zerstörung zu bewahren. Ohne Wissen der Bürger des Königreichs wird die Rebellion heimlich von einem der Sieben Samurai der Meere, dem skrupellosen Sir Crocodile, und seinem Untergrund-Verbrechersyndikat Baroque Works angeheizt. Crocodile strebt danach, Alabasta für sich selbst zu erobern, und manipuliert das von Dürre geplagte Land, um seine eigenen finsteren Ziele zu erreichen. Die Strohhüte müssen einem aufkeimenden Bürgerkrieg und einem mächtigen Samurai trotzen, um Vivis Königreich zu retten, bevor es im Sand zerfällt.

Nachdem sie sich am Ende von Staffel 2 bereit erklärt haben, Prinzessin Vivi zu helfen, führt Monkey D. Luffy seine Crew in das Herz dieses eskalierenden Konflikts. An Luffys Seite kehrt die Stammcrew zurück: der Schwertkämpfer Roronoa Zoro, die Navigatorin Nami, der Scharfschütze Usopp und der Koch Sanji. Sie werden begleitet vom sprechenden Rentier-Arzt Tony Tony Chopper, dem treuen Wächter des Königreichs Pell und König Nefertari Cobra, Vivis Vater. Ihnen gegenüber stehen die Elite-Offiziere von Baroque Works, darunter der theatralische Attentäter Bon Clay, der Klingenmann Mr. 1 und Miss Doublefinger. Luffys Bruder, der feuerbeherrschende Pirat Portgas D. Ace, trifft ebenfalls in Alabasta ein und kreuzt den Weg der Crew, während er einen verräterischen ehemaligen Crewkameraden jagt.

Die Staffel folgt den Strohhüten durch die harte Wüste Alabastas, von der Hafenstadt Nanohana über die Rebellenhochburg Yuba bis zur kriegsgebeutelten Hauptstadt Alubarna. Die Handlung steuert auf die klimaktische Schlacht in Alubarna zu, wo sich die Crew aufteilt, um zu verhindern, dass sich die Rebellen- und die Königstreuen-Armeen gegenseitig vernichten. Jeder Strohhut bestreitet ein tödliches Duell mit einem Baroque-Works-Offizier: Zoro lernt, Stahl zu schneiden, in seinem Kampf gegen Mr. 1, Nami setzt ihren neuen Clima-Tact ein, um Miss Doublefinger zu besiegen, und Sanji überlistet Bon Clay. Luffy konfrontiert Crocodile mehrmals und erleidet zwei verheerende Niederlagen, bevor er entdeckt, dass Flüssigkeit die Sandmanifestation verfestigt. In ihrem finalen Showdown unter dem Königspalast besiegt ein vergifteter und blutüberströmter Luffy Crocodile schließlich, indem er sein eigenes Blut für einen entscheidenden Schlag nutzt.

In der Folge kehrt der Regen nach Alabasta zurück und die Bürger erkennen, dass Crocodile für ihr Leid verantwortlich war. Prinzessin Vivi trifft die herzzerreißende Entscheidung, zurückzubleiben und ihre Nation wieder aufzubauen, und wählt ihre Pflicht gegenüber ihrem Volk über die Fortsetzung ihres Abenteuers mit der Crew. Doch ein neues Mitglied schließt sich den Strohhüten bei ihrer Abreise an: die rätselhafte Nico Robin, ehemals Crocodiles Partnerin Miss All Sunday, die heimlich ihr Schiff betreten und sich selbst eingeladen hat.