Miki Koishikawa, eine Schülerin der zehnten Klasse, kehrt nach Hause zurück und erwartet einen normalen Abend, nur um von ihren fröhlichen Eltern zu erfahren, dass sie sich scheiden lassen. Sie offenbaren, dass sie im Urlaub auf Hawaii ein anderes Paar, die Matsuuras, kennengelernt haben und beschlossen haben, die Partner zu tauschen – Mikis Vater heiratet Frau Matsuura und ihre Mutter heiratet Herrn Matsuura. Um die Vereinbarung noch unkonventioneller zu gestalten, planen beide Familien, zusammen in einem Haus zu leben. Bei einem angespannten Abendessen, um die andere Familie kennenzulernen, wird Miki deren gutaussehendem und scheinbar distanziertem Sohn, Yuu Matsuura, vorgestellt, der in ihrem Alter ist. Trotz ihres anfänglichen Schocks und Widerstands willigt Miki widerwillig in die bizarre Wohnsituation ein.

Die Geschichte spielt im zeitgenössischen Japan, wo Miki und Yuu das Schulleben unter einem Dach als neue Stiefgeschwister meistern. Während sie sich an ihre Patchwork-Familie gewöhnen, ist Miki hin- und hergerissen von ihrer wachsenden Anziehung zu Yuu, den sie aufgrund seines süßen Äußeren, das einen bitteren Kern verbirgt, Marmalade Boy nennt. Yuu, der zurückhaltender und sportlicher ist, entwickelt ebenfalls Gefühle für sie. Ihre aufkeimende Romanze wird sofort durch andere Verehrer kompliziert. Miki wird von Ginta Suou, einem Kindheitsfreund und ihrem früheren Schwarm, umworben, während Yuu mit Arimi Suzuki, einer schönen und hartnäckigen Ex-Freundin aus seiner Vergangenheit, zu kämpfen hat.

Mehrere bemerkenswerte Handlungsstränge testen die Stärke von Mikis und Yuus Beziehung. Eine bedeutende Nebenhandlung betrifft Mikis beste Freundin, Meiko Akizuki, die eine geheime und gesellschaftlich verbotene Romanze mit einem Lehrer, Shinichi Namura, führt. Das zentrale Paar sieht sich auch Herausforderungen durch eifersüchtige Rivalen gegenüber, die versuchen, ihre Beziehung zu sabotieren. Der dramatischste Handlungsstrang ereignet sich, als Yuu Informationen entdeckt, die ihn glauben lassen, dass er und Miki blutsverwandte Halbgeschwister sein könnten. Diese Enthüllung veranlasst ihn, mit ihr Schluss zu machen, um sie vor dem gesellschaftlichen Stigma zu schützen, was zu einer Phase intensiver Herzschmerzen führt, bevor die Wahrheit über seine Vaterschaft geklärt wird. Durch diese Prüfungen, die Familiengeheimnisse, vergangene Beziehungen und persönliche Unsicherheiten beinhalten, müssen Miki und Yuu entscheiden, ob ihre Liebe die außergewöhnlichen Umstände überstehen kann, die sie zusammengebracht haben.