An einem scheinbar gewöhnlichen Tag beginnen seltsame Karten und kleine magnetische Kugeln auf die Welt herabzuregnen, wodurch Kinder ein neues Spiel namens Bakugan entdecken. Die Kugeln verwandeln sich in mächtige Monster, wenn sie auf die Karten gerollt werden, und Kämpfe werden schnell zu einem globalen Phänomen. Den meisten Spielern ist nicht bewusst, dass diese Kreaturen keine bloßen Hologramme sind, sondern lebende Wesen aus einer parallelen Dimension namens Vestroia, wo die elementaren Attribute Pyrus, Aquos, Subterra, Haos, Darkus und Ventus in einem fragilen Gleichgewicht gefangen sind.

Die Geschichte folgt Dan Kuso, einem eigensinnigen und wettbewerbsorientierten Jungen, der Bakugan-Kämpfe über alles liebt. Nachdem ein mysteriöses Bakugan namens Dragonoid aus einem Portal auftaucht und sich mit ihm verbindet, stellt Dan ein Team aus Freunden zusammen, die jeweils ein anderes Attribut beherrschen: die scharfzüngige Runo Misaki mit ihrem Aquos-Partner Tigrerra, der sanfte und wohlhabende Marucho Marukura mit seinem Aquos-Partner Preyas, der ruhige und geschickte Ninja Shun Kazami mit seinem Ventus-Partner Skyress, die energiegeladene Julie Makimoto mit ihrem Subterra-Partner Gorem und die brillante, aber zurückhaltende Alice Gehabich mit ihrem Darkus-Partner Hydranoid. Zusammen bilden sie die Battle Brawlers, eine Gruppe, die sich dem Meistern des Spiels und dem Schutz sowohl der Erde als auch Vestroias vor denen widmet, die die Bakugan für Zerstörung ausnutzen würden.

Der erste Konflikt entsteht mit dem Auftreten von Masquerade, einem maskierten und skrupellosen Kämpfer, der seine mächtigen Darkus-Bakugan, Reaper und später Hydranoid, einsetzt, um Gegner zu vernichten und ihre Gate-Karten für einen finsteren Zweck zu sammeln. Als die Brawlers sich Masquerade stellen, erfahren sie, dass seine Handlungen Vestroia destabilisieren und die Dimensionen sich verzerren und vermischen lassen. Die Wahrheit ist zutiefst persönlich: Masquerade ist tatsächlich eine abgespaltene Persönlichkeit von Alice, geschaffen durch die gescheiterten Experimente ihres Großvaters mit Bakugan-Energie. Nachdem Dan und Dragonoid Masquerade in einem letzten Duell besiegen, integriert Alice ihre dunkle Hälfte, und Hydranoid schließt sich dem Team freiwillig an.

Nach Masquerades Verschwinden reisen die Brawlers nach Vestroia selbst, nur um eine größere Bedrohung zu entdecken: Naga, ein abtrünniges Silent Core Bakugan, das die sechs Attribute zu einer einzigen, chaotischen Entität verschmelzen will. Seine Handlungen haben Vestroia in sechs separate Welten aufgespalten, die jeweils von einem legendären Krieger-Bakugan dominiert werden. Nagas Schwester Wavern, die den Infinity Core beschützt, drängt die Brawlers, ihn aufzuhalten. Ein großer Handlungsbogen folgt, in dem Dan und seine Freunde das Vertrauen jedes legendären Kriegers gewinnen, gegen Nagas mechanische Handlanger, die Vexos, kämpfen und sich der doppelten Herausforderung stellen, beide Dimensionen zu retten. Der Höhepunkt zeigt, wie Dan und Dragonoid sich zur ultimativen Form, Infinity Dragonoid, entwickeln und Naga zerstören, wodurch das Gleichgewicht in Vestroia wiederhergestellt wird. Die Serie endet damit, dass die Bakugan sich entscheiden, die dimensionalen Risse zu versiegeln, was die Brawlers zwingt, sich von ihren Partnern zu verabschieden, obwohl die letzte Szene andeutet, dass die Verbindung zwischen den Welten vielleicht nicht vollständig verloren ist.