"Bakugan Battle Brawlers: Gundalian Invaders" ist die dritte Staffel der "Bakugan"-Serie und setzt die Geschichte der Battle Brawlers in einer neuen Dimension fort. Die Handlung spielt auf Gundalia und Neathia, zwei verfeindeten Planeten, die seit langem im Krieg miteinander liegen. Die Battle Brawlers, angeführt von Dan Kuso, werden in diesen Konflikt hineingezogen, als sie von Prinzessin Fabia Sheen aus Neathia um Hilfe gebeten werden. Fabia bittet die Gruppe, ihr Volk gegen die aggressive Invasion der Gundalianer zu verteidigen, die von ihrem skrupellosen Anführer, Kaiser Barodius, kommandiert werden.

Die Gundalianer streben danach, die Macht des sogenannten "Titanium Drachen" zu erlangen, einer legendären Waffe, die ihnen die Vorherrschaft über das Universum sichern würde. Die Battle Brawlers müssen sich mit neuen Verbündeten zusammentun, darunter auch die Neathianer, um die Pläne der Gundalianer zu vereiteln. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass der Konflikt zwischen Gundalia und Neathia tiefere Wurzeln hat, die auf alte Prophezeiungen und verborgenen Verrat zurückgehen.

Die Charaktere entwickeln sich weiter, insbesondere Dan, der sich mit den moralischen Dilemmata des Krieges auseinandersetzen muss. Neue Figuren wie Ren Krawler, ein ehemaliger Gundalianer, der sich den Battle Brawlers anschließt, spielen eine zentrale Rolle. Ren ist ein komplexer Charakter, der zwischen Loyalität zu seinem Volk und dem Wunsch, Frieden zu schaffen, hin- und hergerissen ist. Auch die Beziehung zwischen Dan und Drago, seinem Bakugan-Partner, wird auf die Probe gestellt, als Drago eine neue, mächtigere Form annimmt, die jedoch mit Risiken verbunden ist.

Die Serie thematisiert Themen wie Loyalität, Verrat und die Konsequenzen von Machtstreben. Die Schlachten zwischen den Bakugan werden intensiver, da beide Seiten versuchen, ihre Ziele zu erreichen. Die Handlung gipfelt in einem epischen Finale, in dem die Battle Brawlers und ihre Verbündeten alles aufs Spiel setzen, um den Krieg zu beenden und das Universum vor der Tyrannei der Gundalianer zu bewahren.