Frisch von der Universität, erfüllt sich Kumiko Yamaguchi, eine junge idealistische Frau, ihren lebenslangen Traum, Lehrerin zu werden. Sie wird der Privatschule Shirokin Gakuen, einer Oberschule nur für Jungen, zugewiesen und übernimmt die Klasse 3-D, eine Gruppe von Problemfällen, die dafür berüchtigt ist, ihre vorherigen Klassenlehrer vertrieben zu haben. Angeführt vom coolen und intelligenten Shin Sawada, versuchen die Schüler sofort, sie durch verschiedene Belästigungen und Rebellion zum Aufgeben zu bringen. Was sie nicht wissen, ist, dass ihre scheinbar naive neue Lehrerin, die einen Trainingsanzug trägt und ihre Haare zu Zöpfen gebunden hat, Kumiko Yamaguchi ist, die Erbin der vierten Generation der Oedo Group, einem der mächtigsten Yakuza-Clans in Tokio. Nach dem Tod ihrer Eltern von ihrem Großvater, dem Clan-Chef, aufgezogen, verfügt sie über unglaubliche Kampffähigkeiten und ein tiefes Verständnis von Loyalität und Ehre.

Trotz ihres Yakuza-Hintergrunds, den sie geheim halten muss, um nicht entlassen zu werden, gibt Kumiko ihre Schüler nicht auf. Ihre Beharrlichkeit, unkonventionellen Methoden und ihre Bereitschaft, für ihren Schutz zu kämpfen, verschaffen ihr allmählich ihren Respekt. Die Schüler, insbesondere Shin, beginnen in ihr nicht mehr ein leichtes Ziel, sondern eine engagierte Lehrerin zu sehen, die sich um ihre Zukunft sorgt. Shin ist der erste, der ihre geheime Identität entdeckt. Während des Schuljahrs nutzt Kumiko ihre einzigartige Erziehung, um ihren Schülern bei verschiedenen Problemen zu helfen, von Bandenkriegen mit rivalisierenden Schulen bis hin zu persönlichen Familienproblemen und Schwierigkeiten mit anderen Lehrern. Sie liegt ständig im Konflikt mit dem intriganten stellvertretenden Schulleiter Goro Sawatari, der stets nach einem Grund sucht, die Schüler der Klasse 3-D der Schule zu verweisen und ihre lästige Lehrerin loszuwerden.

Die erste Staffel konzentriert sich auf die ursprüngliche Klasse 3-D an der Shirokin Gakuen, mit unvergesslichen Schülern wie Shin Sawada, Haruhiko Uchiyama, Youichi Minami, Teruo Kumai und Takeshi Noda. Die Staffel gipfelt in ihrem Abschluss, ein Beweis für Kumikos Erfolg, bei dem ihre Schüler, einst als hoffnungslos abgeschrieben, ihren eigenen Weg finden.

Die Geschichte wird in einer zweiten Staffel fortgesetzt, in der Kumiko, die nun an der Jungenschule Kurogin Gakuen arbeitet, erneut der problematischen Klasse 3-D zugeteilt wird. Während Umgebung und Schüler neu sind, wiederholt sich die Kernhandlung, als sie eine neue Gruppe von Problemfällen, darunter Hayato Yabuki und Ryu Odagiri, mit derselben Mischung aus strenger Liebe, Kampfkunst und geheimer Yakuza-Weisheit für sich gewinnt. Diese Staffel sieht auch die Rückkehr des ehemaligen Schülers Teruo Kumai als Sportlehrer, der als Brücke zur vorherigen Serie dient. Eine dritte Staffel folgt demselben erfolgreichen Muster an der Akadou Gakuen, wo sie eine neue Klasse von Außenseitern, darunter Yamato Ogata, als Freunde gewinnt. Die Realfilm-Geschichte endet mit einem Kinofilm, Gokusen: The Movie, der Schüler aus allen drei Staffeln zusammenbringt, um Kumiko zu helfen, als sie ihrer bisher größten Herausforderung gegenübersteht, die nicht nur ihren Job, sondern auch ihr Leben bedroht, während sie eine neue Generation von Schülern beschützt. Der Erzählbogen der Serie folgt einem konsistenten Muster der Außenseiter-Lehrerin, die mit einem unwahrscheinlichen Geheimnis bewaffnet, das Leben schwieriger Jugendlicher verändert, indem sie an sie glaubt und für sie kämpft, während sie gleichzeitig versucht, ihre Yakuza-Identität vor dem Lehrkörper und ihren Schülern geheim zu halten.