"Honey and Clover II" setzt die Handlung des ersten Teils fort und vertieft die emotionalen und persönlichen Entwicklungen der Hauptfiguren. Die Serie spielt in einer Kunsthochschule in Tokio und konzentriert sich auf die Beziehungen, Träume und Herausforderungen der Studenten.

Takemoto Yuuta, ein schüchterner und nachdenklicher Student, steht weiterhin vor der Frage, was er mit seinem Leben anfangen möchte. Nach einer Reise durch Japan, die er im ersten Teil unternahm, kehrt er zurück und versucht, seinen Platz in der Welt zu finden. Seine Gefühle für Hagumi Hanamoto, ein begabtes, aber kindlich wirkendes Kunstgenie, bleiben kompliziert, da sie sich in seinen Freund Morita Shinobu verliebt hat. Morita, ein exzentrischer und talentierter Künstler, kämpft mit seiner eigenen Unfähigkeit, sich emotional zu binden, und seinen beruflichen Ambitionen.

Yamada Ayumi, eine Keramikstudentin, leidet weiterhin unter ihrer unerwiderten Liebe zu Mayama Takumi, einem älteren Studenten, der inzwischen in einer Architekturfirma arbeitet. Mayama ist in Rika Harada verliebt, eine Witwe, die mit dem Verlust ihres Mannes zu kämpfen hat. Diese Dreiecksbeziehung wird durch Mayamas Loyalität gegenüber Rika und Yamadas anhaltenden Gefühlen für ihn noch komplizierter.

Die Serie erkundet die Themen Erwachsenwerden, Selbstfindung und die Komplexität menschlicher Beziehungen. Die Charaktere müssen sich mit ihren Ängsten, Unsicherheiten und Träumen auseinandersetzen, während sie versuchen, ihren Weg im Leben zu finden. Die Handlung ist geprägt von Momenten der Melancholie, aber auch von Humor und Hoffnung, was die Serie zu einer einfühlsamen und realistischen Darstellung des Übergangs vom Studenten- zum Erwachsenenleben macht.