"Kaina of the Great Snow Sea" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit in einer von endlosen Schneemassen bedeckten Welt lebt. Die Zivilisation hat sich in riesige, auf Stelzen gebaute Städte zurückgezogen, die über dem Schneemeer schweben. Diese Städte sind durch ein komplexes Netzwerk von Seilen und Brücken miteinander verbunden, die den Austausch von Ressourcen und Informationen ermöglichen. Die Bewohner dieser Städte sind abhängig von den seltenen und wertvollen "Wasserbäumen", die in den tiefen Schneeschichten wachsen und die einzige Quelle für frisches Wasser darstellen.

Die Handlung dreht sich um Kaina, einen jungen Mann, der in einer der abgelegenen Städte lebt und von den Legenden der "Großen Schneesee" fasziniert ist. Als seine Stadt von einer mysteriösen Bedrohung heimgesucht wird, begibt er sich auf eine gefährliche Reise, um die Wahrheit über die Welt und die Ursprünge des Schneemeers zu entdecken. Auf seinem Weg trifft er auf Ririha, eine Prinzessin aus einer anderen Stadt, die ebenfalls auf der Suche nach Antworten ist. Zusammen erkunden sie die gefrorene Landschaft, treffen auf verschiedene Fraktionen und Gruppen, die um die Kontrolle über die Wasserbäume kämpfen, und enthüllen nach und nach die Geheimnisse der Vergangenheit.

Die Beziehung zwischen Kaina und Ririha entwickelt sich im Laufe der Serie, während sie gemeinsam Herausforderungen meistern und sich den Gefahren der Schneewelt stellen. Die Handlung wirft Fragen über die Natur der Menschheit, die Auswirkungen von Umweltzerstörung und die Bedeutung von Zusammenarbeit in einer feindlichen Umgebung auf. Die Serie kombiniert Elemente von Abenteuer, Science-Fiction und Drama, wobei die Charaktere ständig mit moralischen Dilemmata und den Konsequenzen ihrer Entscheidungen konfrontiert werden.