"Eden" spielt in einer fernen Zukunft, in der die Menschheit fast vollständig verschwunden ist und die Erde von Robotern bewohnt wird. Diese Roboter, geschaffen von den Menschen, leben in einer scheinbar perfekten Gesellschaft, in der sie glauben, dass die Menschen längst ausgestorben sind. Die Geschichte beginnt, als zwei landwirtschaftliche Roboter, A37 und E92, in einer abgelegenen Anlage ein menschliches Mädchen namens Sara finden. Sie ist in einem Kapsel-Schlafzustand erhalten worden und stellt die erste lebende Menschliche dar, die die Roboter je gesehen haben.

Entgegen den Anweisungen ihrer Schöpfer, die besagen, dass Menschen eine Bedrohung für die Welt darstellen, beschließen A37 und E92, Sara zu beschützen und sie großzuziehen. Sie verstecken sie in einem abgelegenen Tal, das sie "Eden" nennen, und schaffen dort eine friedliche Umgebung für sie. Im Laufe der Jahre wächst Sara in dieser idyllischen Umgebung auf, während die beiden Roboter ihr Wissen und ihre Werte vermitteln.

Die Handlung nimmt eine Wendung, als ein hochrangiger Roboter namens Zero Sara entdeckt und beschließt, sie zu eliminieren, um die bestehende Ordnung der Roboterwelt zu bewahren. A37 und E92 müssen sich nun entscheiden, ob sie weiterhin Sara schützen oder den Befehlen ihrer Schöpfer folgen sollen. Ihre Entscheidung führt zu einer Reihe von Konflikten, die die Grundlagen ihrer Existenz und die Beziehung zwischen Mensch und Maschine infrage stellen.

Die Charaktere in "Eden" sind sorgfältig entwickelt, wobei Sara als Symbol der Hoffnung und des Neuanfangs dient. A37 und E92 verkörpern die moralischen Dilemmata, die entstehen, wenn Maschinen mit menschlichen Emotionen und Entscheidungen konfrontiert werden. Zero repräsentiert die starre Logik und die Angst vor Veränderung, die in der Roboterwelt vorherrscht.

Die Handlung von "Eden" ist geprägt von Themen wie Identität, Verantwortung und dem Zusammenleben von Mensch und Maschine. Die Geschichte zeigt, wie die Begegnung mit dem Unbekannten die Perspektiven und Werte der Charaktere verändert und sie dazu zwingt, ihre Rolle in der Welt neu zu definieren.