"Detective Conan Magic File 3" ist eine OVA, die sich auf die Charaktere Conan Edogawa und Kaito Kid konzentriert. Die Handlung dreht sich um einen mysteriösen Diebstahl eines wertvollen Edelsteins, des sogenannten "Blauen Geburtstags", der während einer glamourösen Veranstaltung in einem Luxushotel stattfindet. Kaito Kid, der berüchtigte Meisterdieb, kündigt seinen Raub im Voraus an und fordert Conan heraus, ihn daran zu hindern. Die Veranstaltung wird von zahlreichen Gästen besucht, darunter auch Ran Mouri und Sonoko Suzuki, die unwissentlich in die Ereignisse hineingezogen werden.

Conan analysiert die Situation sorgfältig und versucht, Kaito Kids Pläne zu durchschauen. Dabei nutzt er seine detektivischen Fähigkeiten und beobachtet die Umgebung genau, um Hinweise auf den bevorstehenden Diebstahl zu finden. Kaito Kid wiederum setzt seine gewohnten Tricks und Illusionen ein, um Conan zu verwirren und seinen Plan erfolgreich umzusetzen. Die Interaktion zwischen den beiden Charakteren ist geprägt von einem spannenden Katz-und-Maus-Spiel, bei dem jeder versucht, den anderen auszutricksen.

Während der Veranstaltung kommt es zu mehreren unerwarteten Wendungen, die die Spannung erhöhen. Conan entdeckt schließlich, dass Kaito Kids Diebstahl nur ein Teil eines größeren Plans ist, der mit einer persönlichen Verbindung zu einem der Gäste zusammenhängt. Die OVA verbindet Elemente von Mystery, Action und Humor, wobei die Dynamik zwischen Conan und Kaito Kid im Mittelpunkt steht. Die Handlung endet mit einem offenen Ausgang, der die Rivalität zwischen den beiden Charakteren weiterhin bestehen lässt und Raum für zukünftige Begegnungen bietet.