"Project A-ko: Uncivil Wars" ist eine OVA, die als Fortsetzung des ursprünglichen "Project A-ko"-Films fungiert. Die Handlung spielt in Graviton City, einer futuristischen Stadt, die nach einer kosmischen Katastrophe entstanden ist. Die Protagonistin A-ko Magami, ein außergewöhnlich starkes Mädchen, wird erneut in eine Reihe von chaotischen Ereignissen verwickelt. Diesmal steht sie im Mittelpunkt eines Konflikts zwischen zwei rivalisierenden Fraktionen: den Bewohnern der Stadt und den Außerirdischen, die sich in Graviton City niedergelassen haben.

Der Konflikt eskaliert, als die Außerirdischen, angeführt von ihrer Prinzessin, versuchen, die Kontrolle über die Stadt zu übernehmen. A-ko, die eigentlich nur ein normales Schulleben führen möchte, wird unfreiwillig in die Auseinandersetzungen hineingezogen. Ihre Freundin C-ko, die naiv und oft unbedarft handelt, wird von den Außerirdischen entführt, was A-ko dazu zwingt, sich dem Kampf anzuschließen. B-ko, eine weitere Freundin und zugleich Rivale von A-ko, schließt sich ihr an, obwohl ihre Beziehung von ständigen Streitereien geprägt ist.

Die Handlung entwickelt sich zu einer Mischung aus Action, Comedy und Science-Fiction-Elementen, wobei A-ko ihre übermenschlichen Kräfte einsetzt, um C-ko zu retten und die Pläne der Außerirdischen zu vereiteln. Dabei kommt es zu zahlreichen humorvollen und absurden Situationen, die die Dynamik zwischen den Charakteren unterstreichen. Die OVA behält den überdrehten und parodistischen Stil des Originals bei, wobei sie gleichzeitig die Beziehungen zwischen A-ko, B-ko und C-ko weiter vertieft.

Die Außerirdischen, die oft als karikaturhafte Figuren dargestellt werden, dienen als Antagonisten, deren Absichten jedoch nicht immer eindeutig böswillig sind. Die Prinzessin der Außerirdischen, die eine zentrale Rolle spielt, zeigt ambivalente Züge, die ihre Motive komplexer erscheinen lassen. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für weitere Abenteuer lässt, während die Freundschaft und Rivalität zwischen den Hauptcharakteren im Mittelpunkt bleibt.