Motoko Kusanagi, oft als Major bezeichnet, ist die Protagonistin von Ghost in the Shell. Ihre frühe Lebensgeschichte ist größtenteils in Geheimnis gehüllt, aber die Stand-Alone-Complex-Serie enthüllt, dass sie als Kind in einen fast tödlichen Flugzeugabsturz verwickelt war. Der einzige andere Überlebende war Hideo Kuze. Motoko war zu diesem Zeitpunkt erst neun Jahre alt, und nachdem sie eine unbestimmte Zeit im Koma verbracht hatte, wurde ihr Ghost ohne ihre vorherige Zustimmung in einen vollständig kybernetischen Prothesenkörper übertragen. Ihre einzigen verbliebenen organischen Bestandteile sind Teile ihres Gehirns und ihres Rückenmarks. In manchen Kontinuitäten lebt sie praktisch seit ihrer Geburt in Cyborg-Hüllen. Motoko erlangte später den militärischen Rang eines Majors, während sie in der japanischen Bodenselbstverteidigungsstreitkraft diente, und war auch als Friedenstruppe der Vereinten Nationen tätig. Sie erwarb sich unter dem Alias Fire Starter einen Ruf als Meisterhackerin. Sie wurde von Chief Daisuke Aramaki angeworben, um die Public Security Section 9, eine Elite-Abteilung zur Bekämpfung von Cyberkriminalität, als taktische Feldkommandantin zu führen. In der Arise-Serie stellt sie das Team persönlich nach ihren eigenen Vorstellungen zusammen.

Ihre Persönlichkeit variiert in den verschiedenen Adaptionen. Im ursprünglichen Manga ist sie lebhaft, komödiantisch und besitzt einen slapstickartigen Humor. Im Film von 1995 ist sie introspektiv, grüblerisch und tiefgründig nachdenklich und hinterfragt häufig, ob sie einen Ghost besitzt. In Stand Alone Complex vereint die Serie diese Elemente: Sie behält einen trockenen Witz und gelegentlichen Humor, reflektiert aber auch über den Zustand der Gesellschaft und nicht nur über ihre eigene Existenz. Unabhängig von der Version wird Motoko durchweg als selbstbestimmte Frau dargestellt, die äußerst unabhängig, hochintelligent und eine fähige Anführerin ist, die sich unzählige Male im Kampf bewährt hat. Sie ist zurückhaltend und hält Details ihres Privatlebens vor anderen verborgen. Sie kleidet sich oft provokativ und experimentiert mit menschlichen Lastern, um ihre eigene Weiblichkeit und Menschlichkeit zu erkunden und Aspekte der Erfahrung zu verstehen, von denen ihr synthetischer Körper sie sonst entfremden könnte.

Motoko wird von dem Wunsch angetrieben, ihre eigene Identität und die Natur ihrer Menschlichkeit zu verstehen. Sie hinterfragt die Grenze zwischen Mensch und Maschine und setzt ihre übermenschlichen Fähigkeiten mit einem Pflichtgefühl ein, um andere zu schützen. Im Film von 1995 verschmilzt sie mit dem Puppet Master, einer fortschrittlichen künstlichen Intelligenz, auf der Suche nach Evolution und Transzendenz über ihr individuelles Selbst hinaus. In Stand Alone Complex bleibt sie bei Section 9 und führt weiterhin Missionen gegen Cyberterrorismus an, während sie sich mit den ethischen und philosophischen Implikationen einer hypervernetzten Welt auseinandersetzt. In beiden Fällen ist ihre Kernmotivation weder Macht noch Ruhm, sondern die Suche nach Sinn in einer Realität, in der die Unterscheidung zwischen Organischem und Künstlichem verschwommen ist.

Innerhalb der Geschichte dient Motoko als Feldkommandantin und fähigste Operative von Section 9. Sie ist eine führende Expertin in der Kriegsführung der vierten Generation und der Cyberbrain-Kampfführung. Ihre Rolle umfasst die Führung ihres Teams bei risikoreichen Operationen, die von Terrorismusbekämpfung bis zur Untersuchung von Cyberkriminalität reichen. Sie ist das am stärksten cyberisierte Mitglied der Einheit, was sie sowohl zu ihrem effektivsten Aktivposten als auch zu ihrem primären Symbol für die verschwommene Grenze zwischen Mensch und Maschine macht.

Ihre bedeutendste Beziehung ist die zu Batou, ihrem Stellvertreter und engsten Freund. Batou ist ein Cyborg-Kollege, der sie zutiefst respektiert und oft Besorgnis um ihr Wohlergehen äußert. Es gibt eine subtile Unterströmung romantischer Spannung zwischen ihnen, die jedoch selten direkt anerkannt wird. Sie teilt auch eine starke berufliche Bindung zu Chief Aramaki, der sie angeworben hat und ihr Urteilsvermögen implizit vertraut. Togusa, das am wenigsten augmentierte Mitglied von Section 9, dient ihr als moralischer Anker und repräsentiert die menschliche Perspektive, von der sie sich manchmal entfremdet fühlt. Hideo Kuze, der Überlebende ihres Flugzeugabsturzes in der Kindheit, taucht in Stand Alone Complex als Anführer der Individual Eleven, einer Gruppe von Cyberterroristen, wieder auf, und ihre gemeinsame Geschichte verleiht ihrer Mission emotionale Komplexität. Im Film von 1995 ist ihre Interaktion mit dem Puppet Master die prägende Begegnung ihres Charakterbogens, die zu einer radikalen Transformation ihres Ghosts führt.

Motoko durchläuft in ihren Handlungssträngen eine bedeutende Entwicklung. Im Film von 1995 entwickelt sie sich von einer fähigen, aber existenziell unsicheren Operativen zu einem Wesen, das ihre ursprünglichen Grenzen überschreitet, indem es mit dem Puppet Master verschmilzt und sich so effektiv über die Hülle ihres individuellen Körpers hinausbewegt. In Stand Alone Complex wächst sie von einer zurückhaltenden und distanzierten Anführerin zu jemandem, der ihre Bindungen zu ihrem Team offener anerkennt und sich ihrem eigenen vergangenen Trauma stellt, insbesondere durch ihre Wiedervereinigung mit Kuze und ihr späteres Geständnis, dass sie sich nicht mehr an ihren ursprünglichen Namen erinnert, was impliziert, dass Motoko Kusanagi selbst ein Pseudonym ist. Die Serie zeigt wiederholt, wie sie mit der Frage ringt, was einen Menschen ausmacht, und letztendlich bekräftigt sie, dass Verbindung und Wahl wichtiger sind als der biologische Ursprung.

Motoko verfügt aufgrund ihrer Ganzkörperprothetik über eine breite Palette außergewöhnlicher Fähigkeiten. Ihr Prothesenkörper ist ein militärisches Modell, das generisch erscheint, um keine Aufmerksamkeit zu erregen. Sie demonstriert übermenschliche Stärke, Geschwindigkeit, Beweglichkeit und Reflexe, die es ihr ermöglichen, zwischen Wolkenkratzern zu springen, fortgeschrittene Akrobatik auszuführen und sogar eine Kugel abzuschießen, nachdem sie auf mittlere Entfernung abgefeuert wurde. Sie ist die beste Nahkämpferin in Section 9 und beherrscht mehrere Kampfkünste. Ihr Cyberbrain verleiht ihr außergewöhnliche Hacking-Fähigkeiten, die als Wizard Class Grey Hat eingestuft werden, und ermöglicht es ihr, gesicherte Netzwerke zu infiltrieren, in die Wetware anderer Personen einzudringen, um durch deren Augen zu sehen, ihre Stimmsysteme zu deaktivieren oder die vollständige Kontrolle über ihre Körper zu übernehmen. Sie kann auch mehrere humanoide Drohnenkörper gleichzeitig fernsteuern und ihren Ghost zwischen verschiedenen Wirten übertragen. Sie ist eine Expertin in elektronischer Kriegsführung, Militärtaktik und Deduktion. Chief Aramaki beschrieb ihre Fähigkeiten einmal als seltener als ESP und bemerkte, dass sie die Art von Person ist, die Regierungsbehörden anheuern, um zu töten, ohne eine Spur zu hinterlassen. Sie verwendet auch ein spezialisiertes thermoptisches Tarnsystem, das sie nahezu unsichtbar macht, was sie zu einer außergewöhnlich tödlichen Operativen macht.