Mewtwo ist ein genetisch erschaffenes legendäres Pokémon, das aus der DNA des mystischen Pokémon Mew entstanden ist. Im Anime-Special Pokémon: Mewtwo kehrt zurück, das an die Ereignisse des ersten Films anknüpft, hat sich Mewtwo aus der menschlichen Gesellschaft zurückgezogen und die Rolle des Beschützers und Betreuers einer Gemeinschaft von Klon-Pokémon übernommen, die er erschaffen hat. Nicht länger das rachsüchtige Wesen, das von Wut und Verwirrung getrieben wurde, ist er zu einem ruhigen, nachdenklichen Charakter geworden, der die Klone, die er als seine Familie betrachtet, zutiefst beschützt. Er wählt eine abgelegene Insel in einem unberührten See auf dem Berg Quena in der Johto-Region als ihr Refugium, in dem Glauben, dass die Klone, da sie nicht auf natürliche Weise geboren wurden, nicht in die Außenwelt gehören und getrennt von Menschen leben müssen.

Mewtwos Persönlichkeit in dieser Geschichte ist geprägt von einem tiefen Verantwortungsgefühl, gemischt mit anhaltendem Zweifel und Trauer. Er ist hochintelligent und philosophisch veranlagt und denkt oft über den Sinn der Existenz und den Wert des Lebens nach. Er kommuniziert durch Telepathie und spricht sowohl mit Menschen als auch mit Pokémon. Obwohl er im Vergleich zu seiner früheren Rebellion sanfter geworden ist, bleibt er vorsichtig und misstrauisch gegenüber Menschen, besonders gegenüber denen, die seine Schützlinge bedrohen könnten. Er ist nicht offen feindselig, aber zurückhaltend und distanziert. Als er Ash, Misty und Rock wiederbegegnet – Menschen, deren Erinnerungen an ihn er zuvor gelöscht hatte – zeigt er Wiedererkennen, hält aber Abstand und beobachtet sie misstrauisch. Seine Motivation konzentriert sich darauf, die Sicherheit und den Frieden der Klone zu bewahren; er ist bereit, seine gewaltigen psychischen Kräfte einzusetzen, um sie zu beschützen, aber er kämpft auch mit der Angst, dass wahrer Frieden unmöglich sein könnte.

Zu den wichtigsten Beziehungen im Special gehören seine Bindungen zu den Klon-Pokémon, insbesondere zu einem geklonten Pikachu und einem geklonten Mauzi, mit denen er viel Zeit im Privaten verbringt, was möglicherweise die Bedeutung ihrer Originale für seine Sinneswandlung widerspiegelt. Er interagiert auch mit Team-Rocket-Boss Giovanni, der Mewtwos Versteck entdeckt und versucht, ihn erneut einzufangen, was Mewtwo zu einer Konfrontation zwingt. Ash und seine Freunde wirken als unbeabsichtigte Katalysatoren für Mewtwos weitere Entwicklung, und Mewtwo akzeptiert schließlich ihre Hilfe, um Giovannis Truppen abzuwehren. Die Klon-Pokémon selbst sehen Mewtwo als Anführer und Beschützer, und ihre Loyalität stellt seinen Entschluss, sie isoliert zu halten, auf die Probe.

Im Laufe der Geschichte durchläuft Mewtwo eine bedeutende Entwicklung. Anfangs besteht er darauf, die Klone vor der Welt zu verstecken, und erwägt sogar, sie zu verlassen, um allein einen Ort zu suchen, aber das Zeugnis ihrer Entschlossenheit, ihr Zuhause zu verteidigen – und zu sehen, dass Ash und seine Freunde sich aufrichtig um Pokémon kümmern – führt ihn zu einem neuen Verständnis. Im Höhepunkt, nachdem er von Giovannis Agentin Domino gefangen genommen und dann mit Ashs Hilfe befreit wurde, setzt Mewtwo seine Kräfte ein, um den Konflikt zu beenden, die im Kampf beschädigte heilige Quelle zu heilen und sich selbst und die Klone wegzuteleportieren. Er dankt Ash und der Gruppe aufrichtig und zieht mit den Klonen davon, um anderswo als natürliche Pokémon in der Wildnis zu leben. Dies markiert einen Wandel vom isolationistischen Beschützer hin zu jemandem, der akzeptiert, dass die Klone ihren eigenen Platz in der Welt finden können.

Bemerkenswerte Fähigkeiten, die in Mewtwo kehrt zurück gezeigt werden, umfassen Telekinese, die stark genug ist, um einen ganzen Bus anzuheben und zu bewegen, einen Schild gegen Angriffe zu erzeugen und einen Sturm zu beruhigen. Er kann sich selbst und andere über große Entfernungen teleportieren, einschließlich der gesamten Gruppe von Klonen. Er zeigt auch telepathische Kommunikation, Wettermanipulation, Energieprojektion und die Fähigkeit, eine natürliche Quelle zu heilen oder wiederherzustellen. Er behält die Fähigkeit, Pokémon mit einem Gerät zu klonen, obwohl er in diesem Special keine neuen Klone erschafft. Seine psychischen Sinne erlauben es ihm, Aktivitäten aus der Ferne zu überwachen, und er kann die Absichten derer um ihn herum spüren. Trotz seiner Macht bleibt Mewtwo eine tragische Figur, die das Gewicht ihres künstlichen Ursprungs und die Erinnerung an verstorbene Freunde trägt – was in seiner Hintergrundgeschichte einer verlorenen Freundin, Ambertwo, widerhallt, an die er sich nicht mehr bewusst erinnert. In Mewtwo kehrt zurück findet er ein gewisses Maß an Erlösung, indem er sich entscheidet, sowohl die Klone als auch sich selbst in eine ungewisse, aber hoffnungsvolle Zukunft zu entlassen.