Ein Flugzeugabsturz im Amazonas-Regenwald lässt einen jungen japanischen Jungen namens Daisuke Yamamoto als einzigen Überlebenden zurück. Er wird von einem lokalen Inka-Stamm gefunden und adoptiert, der ihn Amazon nennt, und wächst zu einem wilden Kind heran, das vom harten Dschungel lebt. Jahre später massakriert der Zehngesichtige Dämon Gorgos, Anführer der bösen Organisation Gedon, den Stamm auf der Suche nach dem mächtigen GiGi-Armreif. Der Älteste des Stammes, Bago, vollzieht ein altes Inka-Ritual, das den Armreif mit Daisuke verschmilzt und ihn in den superkräftigen Krieger Kamen Rider Amazon verwandelt, bevor er stirbt. Daisuke reist daraufhin nach Japan, wo er von Gedon verfolgt wird, die den GiGi-Armreif für seine Welteroberungsmacht wollen.

Aufgrund seiner wilden Erziehung unfähig, kohärent Japanisch zu sprechen, freundet sich Daisuke mit einem Jungen namens Masahiko Okamura und dessen Schwester Ritsuko an. Deren Onkel, Professor Kousaka, wird von Gedon getötet, weil er ihre Geheimnisse kannte. Daisuke erhält bald Hilfe von Tobei Tachibana, einem alten Verbündeten früherer Kamen Riders, der ihm hilft, sich an die Zivilisation anzupassen und sein Motorrad zu warten. Anfangs nur mit Grunzen und einfachen Worten sprechend, lernt Daisuke Japanisch von Masahiko, während sie Seite an Seite kämpfen. Er ist bekannt für seinen wilden, animalischen Kampfstil, beißt oft Gegner, und seine Verwandlung wird durch eine Pose ausgelöst, nicht durch einen Sprachbefehl.

Der erste große Handlungsbogen konzentriert sich auf den Kampf gegen Gedon. Deren Anführer Gorgos besitzt den passenden GaGa-Armreif und reitet auf einem massiven Steinleib, der mit Gesichtern bedeckt ist. Der Konflikt gipfelt in einer finalen Schlacht, in der Amazon Gorgos zerstört, doch der GaGa-Armreif wird sofort von den Agenten eines neuen, mächtigeren Feindes gestohlen: dem Garanda-Imperium. Es stellt sich heraus, dass Garanda die wahre Macht hinter Gedon war, und sie starten eine Reihe von Terroranschlägen auf Tokio, um ihre Herrschaft zu etablieren. Ihr mysteriöser Herrscher, bekannt als Kaiser Zero, ist ein mächtiges Wesen, das die Fähigkeiten des GiGi-Armreifs neutralisieren kann.

Bemerkenswert in der Serie ist die tragische Figur des Maulwurf-Bestienmenschen. Ursprünglich ein Monster, das geschickt wurde, um Daisuke zu töten, wird er nach seinem Scheitern von seinen eigenen Herren verbannt und dem Tod überlassen. Daisuke rettet ihn aus Mitleid, und das verwirrte Wesen wird ein loyaler, wenn auch ungewöhnlicher Verbündeter. Der Maulwurf-Bestienmensch hilft bei der Informationsbeschaffung und dem Schutz von Zivilisten und opfert schließlich sein Leben, um Amazon bei der Herstellung eines Gegengifts für eine tödliche Schimmelpilzwaffe zu helfen, was beweist, dass selbst ein Monster Mut und Loyalität besitzen kann. Die Serie endet damit, dass Amazon Kaiser Zero gegenübersteht und die GiGi- und GaGa-Armreife verschmilzt, um die nötige Kraft zu erlangen, um das Garanda-Imperium endgültig zu zerstören. Nachdem er seine Adoptivfamilie gerächt und seine neue Heimat beschützt hat, kehrt Daisuke Yamamoto in den Amazonas-Dschungel zurück, wo er aufgewachsen ist.