Im Jahr 2050 hat die menschliche Gesellschaft bemerkenswerte Fortschritte durch eine neu erschlossene Energiequelle namens e-Pulse erzielt, die aus menschlichen Gedanken und Emotionen gewonnen wird. Diese Energie betreibt Sapotamas, eiförmige KI-Assistenten, die für fast jeden zu einem unverzichtbaren Teil des Alltags geworden sind. Doch im Schatten dieser technologischen Utopie lauern Digimon, digitale Lebensformen, die vom Verzehr von e-Pulse leben. Wenn ein Digimon die gesamte Energie eines Menschen aufbraucht, verfällt das Opfer in einen gefrorenen, komatösen Zustand, der als Kaltes Herz bekannt ist.

Die Geschichte folgt Tomoro Tenma, einem zynischen Teenager, der mit seinem älteren Bruder Asuka in einem teilweise überfluteten, einkommensschwachen Viertel lebt. Tomoro besitzt einen ungewöhnlich starken und seltenen Typ von e-Pulse, der dazu führt, dass Sapotamas Fehlfunktionen aufweisen. Nachdem eine Mitschülerin dem Kalten Herz zum Opfer fällt, funktioniert Tomoros eigener Sapotama nicht mehr richtig und bringt ein geckoartiges Digimon namens Gekkomon hervor. Im darauffolgenden Chaos greift ein mächtiges Digimon an, entzieht Asuka seine Energie und lässt ihn im Zustand des Kalten Herzens zurück. Tomoro wird daraufhin vom Ministerium für Zivilschutz, der Regierungsbehörde, die die Existenz von Digimon vertuscht, als Verbrecher gebrandmarkt und muss aus seiner Heimat fliehen.

Um zu überleben und einen Weg zu finden, seinen Bruder zu retten, schließt sich Tomoro Glowing Dawn an, einem Team von Kopfgeldjägern, bekannt als Cleaner, die angeheuert werden, um unkontrollierte Digimon zu bekämpfen. Das Team wird von Kyo Sawashiro angeführt, einem ehemaligen Mitglied der Eliteeinheit Five-Stars Cleaner, der heimlich von einer Koexistenz zwischen Menschen und Digimon träumt. Weitere Mitglieder sind die hitzköpfige Reina Sakuya und ihre schwesterliche Partnerin Pristimon sowie der ruhige, analytische Junge Makoto Kuonji und sein aufmerksamer, fledermausartiger Partner Chiropmon. Anfangs lehnt Tomoro die Partnerschaft mit dem schelmischen und eigennützigen Gekkomon ab, aber er hat keine andere Wahl, wenn er Asukas e-Pulse von dem Digimon zurückgewinnen will, das es gestohlen hat.

Die Serie spielt in einer Crapsaccharine-Welt, einer dystopischen Gesellschaft, in der die Reichen in utopischen schwebenden Strukturen namens Shangri-La-Eiern leben, während die Armen in den überfluteten, zerstörten Gebieten darunter residieren. Die Regierung vertuscht aktiv die Wahrheit über Digimon und hält die Kontrolle durch das Cleaner-System aufrecht, indem sie Kopfgeld auf Menschen aussetzt, die Digimon beherbergen. Die ersten Episoden etablieren den Glowing-Dawn-Bogen, in dem Tomoro sich an sein neues Leben gewöhnt, lernt, seinen Teamkollegen zu vertrauen, und sich widerwillig mit Gekkomon verbindet. Der anschließende Tactics-Bogen stellt die Five-Stars vor, die weltbesten Cleaner, und zeigt, wie Glowing Dawn mit einem militärisch organisierten Cleaner-Team namens Tactics in Konflikt gerät, wodurch eine weitreichende kriminelle Verschwörung aufgedeckt wird, die bis in die höchsten Machtebenen reicht. Während das Team diesen Bedrohungen begegnet, beginnen sie, die dunklen Geheimnisse hinter der Weltunion, dem Unternehmen, das Sapotamas herstellt, und der wahren Natur der e-Pulse-Energie, die ihre Welt antreibt, zu enthüllen.