Seit dem Sommerabenteuer, das sowohl die digitale als auch die menschliche Welt rettete, ist Zeit vergangen, und die Zahl der Kinder mit Partner-Digimon ist weltweit stetig gestiegen. Diese neue und einzigartige Natur wirft jedoch einen bedrohlichen Schatten, da viele dieser Kinder Verfolgung und der Gefahr ausgesetzt sind, für militärische Zwecke instrumentalisiert zu werden. Die ursprünglichen DigiDestined, nun erwachsen, finden sich im Zentrum eines neuen, unsichtbaren Krieges wieder, um diese Kinder zu schützen.

Der zentrale Handlungsbogen folgt Taichi Yagami und Yamato Ishida, die direkt an Rettungsmissionen für gefährdete Kinder arbeiten. Während einer solchen Operation werden sie plötzlich von einem mysteriösen und aggressiven Digimon überfallen, was sie zwingt, erneut mit ihren vertrauten Partnern Agumon und Gabumon zu kämpfen. Dieses Ereignis löst eine breitere Erinnerung an unerzählte Schlachten und eine Zeit großer Unruhen aus, die zwischen der Niederlage früherer Schurken und der friedlichen, utopischen Zukunft im Epilog von Digimon Adventure 02 stattfand.

Die Erzählung wird vom Autor Takaishi Takeru gerahmt, der dabei gesehen wird, das nächste Kapitel seiner langjährigen Buchreihe über die Abenteuer der DigiDestined zu schreiben. Er erklärt seinem Partner Patamon, dass dieser neue Band genau die Ereignisse behandelt, die ihn überhaupt erst dazu brachten, die Serie zu schreiben, und schafft so einen reflektierenden und persönlichen Kontext für das folgende Chaos. Die Geschichte weitet sich dann zu einer Montage gleichzeitiger Konflikte aus und zeigt, dass der Kampf nicht auf Taichi und Yamato beschränkt war. Alle ursprünglichen auserwählten Kinder, einschließlich Sora Takenouchi, Mimi Tachikawa, Koushiro Izumi, Joe Kido und Hikari Yagami, werden gezeigt, wie sie an verschiedenen Orten auf der Welt Manifestationen der Dunkelheit und unbekannte mechanische Feinde bekämpfen.

Bemerkenswerterweise spielen auch die DigiDestined der zweiten Generation aus Digimon Adventure 02 eine bedeutende Rolle. Motomiya Daisuke, Ichijouji Ken, Inoue Miyako und Hida Iori werden dargestellt, wie sie große Armeen von Rüstungs-Digimon anführen, einschließlich bisher ungesehener Formen, die verschiedene Digimentals nutzen, was darauf hindeutet, dass sie eine größere Beherrschung ihrer Kräfte erlangt haben. Diese Szenen zeigen Iori, der aquatische Formen befehligt, Ken, der fliegende Digimon anführt, und Daisuke, der an Land neben einer Herde gepanzerter Kreaturen voranstürmt. Ihr Engagement unterstreicht eine globale und koordinierte Anstrengung, um der mysteriösen Bedrohung entgegenzutreten.

Der Schauplatz wechselt schnell zwischen der realen Welt und der digitalen Welt, mit wichtigen Orten wie einer Verfolgungsjagd in Nordeuropa, einem Krankenhaus in Kanagawa, der Präfektur Aomori und verschiedenen digitalen Landschaften. Die Erzählung stellt klar, dass der Kampf für die DigiDestined nie wirklich endete, selbst als sie ins Erwachsenenalter hineinwuchsen. Taichi und Yamato akzeptieren diese Realität und entwickeln ihre Partner schließlich zu ihren mächtigsten Formen, War Greymon und Metal Garurumon, um sich der unbekannten Zukunft zu stellen. Das Projekt dient als visueller Epilog, füllt die narrative Lücke zwischen ihrem jungen Erwachsenenleben und der friedlichen Welt, in der jeder Mensch einen Digimon-Partner hat, und feiert die dauerhafte Bindung zwischen den Kindern und ihren digitalen Monstern fünfundzwanzig Jahre nach Beginn des ursprünglichen Abenteuers.