Im feudalen Japan dient Ogami Itto als oberster Henker des Shogunats, eine Position von immenser Autorität und Vertrauen. Sein Leben wird zerstört, als der hinterhältige Yagyu-Clan ihn des Verrats bezichtigt, um sein Amt zu stehlen. Nach dieser Schande wird seine Frau Azami brutal ermordet und sein Haushalt zerstört, wobei nur sein Säuglingssohn Daigoro am Leben bleibt. Entehrt und seines Rangs beraubt, wird Itto zum Ronin und schlägt den Weg des bezahlten Attentäters ein. Er setzt seinen kleinen Sohn in einen Kinderwagen, der oft Waffen und die Spielzeuge seines Sohnes trägt, und die beiden wandern durch die Lande als das berüchtigte Duo, bekannt als Lone Wolf and Cub.

Der zentrale Konflikt ist zweifach: Itto muss als Söldner überleben, indem er Aufträge annimmt, um Ziele zu töten, die von korrupten Beamten bis hin zu rivalisierenden Clanmitgliedern reichen, während er unerbittlich Rache an dem Yagyu-Clan verfolgt, der sein Leben zerstört hat. Jede Episode folgt typischerweise einem Muster, in dem Itto und Daigoro in einer neuen Stadt oder Region ankommen, sich mit lokalen Fürsten, Yakuza oder verzweifelten Bürgern verstricken und Itto angeheuert wird, um ein Attentat auszuführen. Diese episodischen Aufträge erkunden oft Themen wie Ehre, Pflicht und die hohen Kosten der Gewalt, wobei allein Ittos Ruf manchmal ausreicht, um Gegner einzuschüchtern.

Während der gesamten Serie schickt der Yagyu-Clan unter der Führung von Lord Retsudo kontinuierlich Attentäter, Ninja und Meisterschwertkämpfer aus, um Itto zu beseitigen, da sie seine Rachequest fürchten. Bemerkenswerte Handlungsbögen umfassen Begegnungen mit rivalisierenden Samurai wie Gunbei Yagyu und Asaemon dem Enthauptungsexperten sowie Geschichten, in denen Daigoro von seinem Vater getrennt wird und allein überleben muss, was die harte Erziehung zeigt, die Itto seinem Sohn angedeihen lässt. Die Serie verbindet grafische Schwertgewalt mit einem kontemplativen Ton und zeigt die Bindung zwischen Vater und Sohn, während sie den sogenannten Weg des Attentäters gehen, von einer tödlichen Konfrontation zur nächsten durch die japanische Landschaft ziehend.