Kurz nach dem Abschluss des Battle-City-Turniers sieht sich Yugi Mutou, der Besitzer der drei mächtigen ägyptischen Gottkarten, mit einer neuen uralten Bedrohung konfrontiert, die seinen Sieg überschattet. Unter den Sandwüsten Ägyptens ist ein böser Geist namens Anubis, der Herr der Toten, erwacht. Vor Jahrhunderten wurde diese Entität von Yugis mysteriösem Alter Ego, dem alten Pharao, besiegt, und nun ist Anubis zurückgekehrt. Ausgestattet mit der Kraft eines nie zuvor gesehenen achten Millennium-Gegenstands, sinnt er auf Rache und will die moderne Welt ins Chaos stürzen.

Die Geschichte spielt in Domino City, wo Yugi und seine Freunde Téa, Joey und Tristan im Domino City Museum vor einer Horde von Duellanten Zuflucht suchen. Dort entdecken sie eine Ausstellung mit einem seltsamen Artefakt namens Pyramide des Lichts, das eine beunruhigende Ähnlichkeit mit Yugis eigenem Millennium-Puzzle aufweist. Unterdessen ist Yugis Erzrivale Seto Kaiba weiterhin besessen davon, den Pharao endlich zu besiegen. In dem Glauben, dass der Schöpfer von Duel Monsters, Maximillion Pegasus, eine Karte entworfen haben muss, die den Gottkarten entgegenwirken kann, zwingt Kaiba Pegasus zu einem Duell und erhält seinen Preis: zwei spezifische Karten, die entwickelt wurden, um Yugis ultimative Monster zu neutralisieren.

Als die Pyramide des Lichts aus dem Museum gestohlen wird und ein Sarkophag leer aufgefunden wird, fordert Kaiba Yugi zu einem Duell im KaibaCorp Duel Dome heraus. Kaiba aktiviert eine Fallenkarte, die das gestohlene Artefakt widerspiegelt, bekannt als die Pyramide des Lichts. Diese Falle verhindert, dass Yugi seine ägyptischen Gottkarten beschwören kann, und zwingt ihn, auf andere Strategien zurückzugreifen. Kaiba entfesselt seinen Blauäugigen Leuchtenden Drachen, ein Monster, das noch mächtiger ist als der Blauäugige Ultimative Drache, und scheint kurz vor dem Sieg zu stehen. Doch bevor er den finalen Schlag ausführen kann, taucht der Geist von Anubis aus den Schatten auf, schiebt Kaiba beiseite und übernimmt selbst die Kontrolle über das Duell.

Anubis legt die Pyramide des Lichts an, fängt Yugis Freunde im Millennium-Puzzle ein und beschwört sein eigenes kolossales Monster, Theinen die Große Sphinx, sodass der Pharao dem uralten Bösen allein gegenübersteht. Der Handlungsbogen konzentriert sich auf den Kampf des Pharaos gegen einen Gegner, dessen Macht speziell darauf ausgelegt ist, die ägyptischen Götter unwirksam zu machen. In einem letzten verzweifelten Versuch setzt der Pharao sein Vertrauen in das Herz der Karten und verwendet eine Kombination aus Doppelzauber und Monsterwiedergeburt, um den Blauäugigen Leuchtenden Drachen wiederzubeleben. Mit der Kraft dieses Drachen zerstört er die Pyramide des Lichts, die wiederum Anubis und seine Sphinx verbannt, seine Freunde rettet und den Frieden wiederherstellt.