Der Oberschüler Koichi Kamiya führt ein gewöhnliches Leben, bis eine geheimnisvolle Stimme ihn in seinen Träumen anspricht und fordert, dass er als Nachfolger eines uralten außerirdischen Erbes namens Babel erwacht. Dieses Erbe kennzeichnet ihn als Babel II, den neuesten in einer Reihe von Beschützern, denen eine immense Kraft namens das Babel-Erbe anvertraut ist. Sein Auftreten zwingt ihn in einen direkten Konflikt mit Lord Yomi, einem mächtigen Psychokinetiker, der andere Übermenschen sammelt, um die Welt zu beherrschen. Yomi strebt selbst nach demselben Babel-Erbe, einer Macht, die nur vom wahren Nachfolger ausgeübt werden kann. Um dieser Bedrohung entgegenzutreten, befehligt Koichi die Treue von drei außergewöhnlichen Wesen: Rohdem, einem gestaltwandelnden schwarzen Panther; Robross, einem riesigen, pterodactylusähnlichen Vogel; und Poseidon, einem kolossalen humanoiden Roboter, der aus den Meerestiefen aufsteigt.

Die Serie begleitet Koichi, während er mit seiner neuen Identität und der immensen Verantwortung, der Verteidiger der Erde zu sein, ringt. Seine Reise führt ihn von den Wüsten Südasiens über die Straßen Manhattans bis hin zu einer versteckten Basis in den Schweizer Alpen. Koichi ist in diesem Kampf nicht allein; er erhält Unterstützung von Reika Saeki, einer Agentin der UNIAS, die ebenfalls versucht, Yomis Organisation ADES zu stoppen. Diese Gruppe kontrolliert bedeutende politische und wirtschaftliche Macht weltweit. Zu Yomis wichtigsten Untergebenen gehören Leon, der Schülerratspräsident an Koichis eigener Schule, der einen tiefen Hass auf die Menschheit hegt, und Ferris, eine kalte und berechnende Frau, die vergiftete Nadeln als Waffen einsetzt.

Ein bedeutender Handlungsbogen beinhaltet die Geschichte von Babel I, dem Außerirdischen, der vor fünftausend Jahren erstmals zur Erde kam und versuchte, einen großen Turm zu bauen, um sein Volk zu signalisieren. Dieses gescheiterte Projekt hinterließ den Turm zu Babel, eine versteckte Basis in einer vergessenen Wüste, die den Zentralcomputer Urmintul beherbergt. Der Computer enthüllt Koichis wahre Herkunft und seine Mission, den Planeten zu schützen. Der Konflikt verschärft sich, als sich herausstellt, dass Lord Yomi ebenfalls ein entfernter Nachkomme des ursprünglichen Babel ist, was ihn zu einem rivalisierenden Erben mit psychokinetischen Kräften macht, die Koichis eigenen entsprechen. Ihr Kampf wird zu einem Zusammenprall von Geschwistern um die Kontrolle über das Erbe. Die Geschichte gipfelt in einem finalen Showdown innerhalb des Turms zu Babel, wo das Schicksal der Welt am seidenen Faden hängt, während die beiden mächtigen Psychokinetiker um die ultimative Kontrolle kämpfen.