In der Stadt Neo-Deava arbeitet Amata Sora als Kinoplatzanweiser und besitzt die Fähigkeit zu schweben, eine Kraft, die er geheim hält. Während einer Vorführung flieht ein Mädchen namens Mikono Suzushiro vor einem lauten Geräusch und stößt mit Amata zusammen, wodurch er sie versehentlich in die Luft hebt. Kurz darauf ertönen Alarme, als eine riesige Abductor-Maschine vom Himmel herabsteigt, deren Piloten Frauen zur Entführung ins Visier nehmen. Die Elementnutzer der Einrichtung eilen, um ihre Mecha zu starten, aber Cayenne Suzushiro – Mikonos Bruder – zögert, nachdem seine vorausschauende Vision eine katastrophale Zukunft zeigt, die seine Schwester betrifft. Amata trägt Mikono nach draußen, wo sie auf Zessica Wong treffen, eine versierte Pilotin, deren Versuche, den Aquarion zu formen, ohne einen kompatiblen dritten Partner scheitern. Als ein herabfallender Balken Mikono gefangen hält, springt Amata instinktiv in das Cockpit des Aquarion Vector Z, verbindet sich mit Zessica und Mikono und löst die Fusion der Maschine aus. Die drei Piloten verschmelzen zum Aquarion Gepard und zerstören den Abductor, obwohl die Abschiedsworte des Feindes verraten, dass sie speziell für Mikono gekommen sind. Danach konfrontiert Cayenne Amata und verlangt zu wissen, warum seine Vision des Untergangs überschrieben wurde. An einem parallelen Ort meldet ein junger Mann namens Jin seinem Vorgesetzten, dass er das Ziel gefunden hat: Mikono. Die Episode endet damit, dass Jin die Stadt aus der Ferne beobachtet und die Absicht der Abductors bestätigt, zurückzukehren.

Nachdem sie nach Neo DEAVA gebracht wurden, treffen Amata Sora und Mikono Suzushiro die anderen Mitglieder der Spezialeinheit, bekannt als die Elements. Kommandant Donar Dantes weist die Piloten Synchronisationstests zu, die ihre Kompatibilität für die Verschmelzung zum Aquarion messen sollen. Während des Tests zeigt Amata eine außergewöhnliche Fähigkeit, die Vektorverschiebungen des Mech zu spüren, eine Fertigkeit, die er darauf zurückführt, den „Klang der Flügel“ zu hören. Mikono zögert während des Verfahrens und erinnert sich an ihr traumatisches Erlebnis mit einem mechanischen Unfall in der Vergangenheit. Ein Angriff der Abductors zwingt dazu, den Test vorzeitig zu beenden, und die Elements eilen, um ihre Vectors zu starten. Cayenne Suzushiro, Mikonos älterer Bruder, hat eine präkognitive Vision, die seine Schwester in Gefahr und eine geheimnisvolle geflügelte Gestalt zeigt. Die Vision schürt Cayennes Feindseligkeit gegenüber Amata, den er für die Gefährdung Mikonos verantwortlich macht. Trotz der Spannungen gelingt es den drei Piloten – Amata, Cayenne und Zessica Wong –, das Aquarion in einer Drei-Vektor-Kombination zu formen. Der vereinte Mech entfesselt einen mächtigen Angriff, der die Abductors zurückdrängt, doch die Belastung der Verschmelzung offenbart die intensiven emotionalen und physischen Anforderungen an die Piloten. Nach dem Kampf vertraut Mikono Amata ihre Angst an, während Cayenne Amata direkt konfrontiert und ihn warnt, sich von seiner Schwester fernzuhalten. Die Folge endet mit der Enthüllung, dass die Abductor-Streitkräfte die Schlacht beobachtet haben und Amata als ein Hauptziel identifizieren.

Amata, Zessica und Andy setzen ihre Pilotenausbildung an Bord des Neo-DEAVA-Kampfschiffs fort. Während einer Simulationsübung aktiviert sich Amatas Element-Fähigkeit unkontrolliert und lässt ihn mitten im Flug mit Zessica die Plätze tauschen. Kommandant Donar Dantes rügt das Team für mangelnde Koordination. Später taucht ein neuer Feindtyp, der Schattenengel, über der Stadt Altair auf. Im Gegensatz zu früheren Abductors durchdringt der Schattenengel konventionelle Angriffe und greift Menschen direkt an. Das Aquarion wird zum Abfangen entsandt, doch die Phasen-Fähigkeit des Engels verhindert jeden direkten Treffer. Mikono beobachtet von der Kommandobrücke des Schiffs, wie Amata kämpft, mit seinen Co-Piloten eine Verbindung herzustellen. Cayenne, der den Angriff vorhersah, gibt taktische Anleitung, bricht aber unter der Anstrengung seiner Präkognition zusammen. Zessica drängt Amata, sich mit ihr zu synchronisieren, und argumentiert, dass sein Zögern alle gefährdet. In einem kritischen Moment nutzt Amata seine Wechselkraft, um Zivilisten unter dem Engel zu retten, doch das Manöver lässt das Aquarion verwundbar zurück. Der Engel trifft den Kern des Mechas und erzwingt eine Notabtrennung. Shrade, ein mysteriöser Pilot einer separaten Neo-DEAVA-Einheit, erscheint unangekündigt und bekämpft den Engel allein, wobei er präzise Kontrolle über seine eigene Elementarfähigkeit demonstriert. Er zerstört den Engel mit einem einzigen, koordinierten Angriff. Nach dem Kampf stellt sich Shrade der Crew vor und zeigt sofort Interesse an Amatas Kräften. Die Folge endet mit der Enthüllung, dass Shrade ihrer Einheit zugeteilt wurde, was eine direkte Rivalität und unbekannte Absichten gegenüber Amata andeutet.

Amata und Mikono betreten den Piloten-Simulator für ihre erste praktische Bewertung zusammen mit Zessica und Cayenne. Ausbilder Shrade startet eine Übungsschlacht, die Amata mit Mikono in den linken und rechten Arm des Aquarion paart, während Zessica und Cayenne die mittlere und linke Position einer zweiten Einheit einnehmen. Amata zögert wiederholt, mit Mikono zu fusionieren, aus Angst, seine unkontrollierbare Kraft könnte sie verletzen. Seine Zurückhaltung verursacht einen Fehlschuss des Aquarion und macht das Paar anfällig für Angriffe des gegnerischen Teams. Mikono überwindet ihre eigene Angst vor engem Kontakt und übernimmt die Steuerung, wodurch die Synchronisation erzwungen wird. Der kombinierte Aquarion Gepard leitet Amatas elementare Kraft in einen präzisen Schuss, der die feindliche Einheit ausschaltet, ohne Kollateralschäden zu verursachen. Nach der Übung warnt Shrade Amata privat, dass die Vermeidung seines wahren Elements im echten Kampf alle gefährden wird. Währenddessen beobachten Andy und Mix das Match, und Mix weist Andys Versuche einer Partnerschaft kühl zurück, was seinen Entschluss, sich zu beweisen, schärft. In einer separaten Entwicklung holt Jin Daten aus dem gefallenen Feind-Mecha und bestätigt, dass die Neo-DEAVA-Basis ein Ziel von Interesse für seine Vorgesetzten birgt. Die Episode endet mit Shrades Vorhersage eines bevorstehenden, größeren Entführungsversuchs gegen eine der Pilotinnen.

Das altairische Militär setzt einen neuen Entführer namens Swift Star ein, der sich mit extremer Geschwindigkeit bewegt. Neo-DEAVA startet seine drei Vector-Maschinen, doch der Entführer weicht allen Angriffen aus und beschädigt den Basisperimeter. Cayenne Suzushiro aktiviert seine präkognitive Fähigkeit und sieht eine klare Vision seines eigenen Todes in der Schlacht. Um dieses Ergebnis abzuwenden, schlägt er die verbotene Mithra-Gattai-Kombination vor, die erfordert, dass drei Piloten ihre Elemente in einem kritischen Moment synchronisieren. Amata, Zessica und Cayenne bilden Aquarion Gepard, das die Geschwindigkeit des Entführers erreicht. Während des synchronisierten Zustands verändert sich Cayennes Vision: Er überlebt, verliert aber seine präkognitive Kraft. Der kombinierte Gegenangriff zerstört den Swift Star, und Cayennes Präkognition verschwindet dauerhaft. Zessica beobachtet, dass Amatas Fokus während der Kombination weiterhin auf Mikono gerichtet bleibt, was ihre unausgesprochene Frustration verfestigt. Kommandant Kaguya vermerkt den Erfolg des Mithra Gattai, warnt jedoch vor seinen inhärenten Risiken für zukünftige Operationen. Shrade meldet, dass der Pilot des Entführers überlebt hat und dass eine größere altairische Streitmacht mobilisiert wird.

Die Altair-Streitkräfte entführen Amata und Mikono während einer Patrouille. Neo DEAVA startet eine Rettungsaktion mit den verbliebenen Aquarion-Piloten. Cayenne ortet die Position des Feindes mithilfe seiner präkognitiven Visionen, doch die Anstrengung belastet seinen Körper. Das Team trifft auf Shrade, einen Altair-Piloten, der ein schwarzes Aquarion steuert und sich als Cayennes älterer Bruder zu erkennen gibt. Cayennes Visionen hatten zuvor einen Unfall verursacht, bei dem Shrade verletzt wurde, was zum Verschwinden des Bruders führte. Shrade bekennt sich zu Altairs Doktrin der absoluten Gerechtigkeit und lehnt emotionale Bindungen als Schwäche ab. Er fordert Cayenne auf, seine Gefühle abzulegen und sich ihm anzuschließen. Cayenne weigert sich und entscheidet sich, an der Seite seiner Kameraden zu kämpfen. Während des Kampfes akzeptiert Cayenne die körperliche Belastung seiner Kraft, um Shrades Bewegungen vorherzusehen. Der koordinierte Angriff der Neo-DEAVA-Aquarion zwingt Shrade zum Rückzug. Amata und Mikono werden aus der Gefangenschaft befreit. Cayenne bricht vor Erschöpfung zusammen, bekräftigt aber seinen Entschluss, das Team zu beschützen, anstatt Verbindungen zu kappen. Shrade entkommt zurück zu Altair, entschlossen, seine Ideologie als überlegen zu beweisen.

Die Folge beginnt mit Amata und Zessica, die in ihren Aquarion-Einheiten trainieren und Kombinationsmanöver üben. Eine neue Bedrohung taucht auf, als ein entfesselter Abductor, gesteuert vom mysteriösen Mykage, erscheint und die Neo-DEAVA-Basis direkt angreift. Der Abductor umgeht die Stadtverteidigung und beginnt, die Lebenskraft der Zivilisten abzusaugen. Mikono spürt die Gefahr und fühlt einen starken Zug zum Schlachtfeld, was sie dazu veranlasst, die Sicherheit der Basis zu verlassen. Amata, der Mikono in Gefahr sieht, verliert während der Kombinationssequenz den Fokus, was zu einer fehlgeschlagenen Synchronisation mit Zessica führt. Das Scheitern zwingt Zessica zum Ausstieg, und Amata bleibt allein zurück, um sich dem Abductor zu stellen. Amata gelingt es, den Abductor zu bekämpfen, wird aber überwältigt. Cayenne nutzt seine präkognitiven Fähigkeiten und sieht eine katastrophale Folge voraus, wenn er nicht eingreift. Er steuert seinen Vector, um Amata zu unterstützen, und vollendet erfolgreich die Kombination zu Aquarion Gepard. Trotz der neuen Formation erweist sich die Macht des Abductors als überlegen, und Mykage enthüllt seine wahre Absicht: Mikono gefangen zu nehmen, die er als Schlüssel zum Erwachen des legendären Aquarion identifiziert. Mykage überwältigt die vereinten Kräfte und entzieht Mikono dem Schlachtfeld. Amata, von Verzweiflung getrieben, versucht zu verfolgen, wird aber durch Mykages Angriff außer Gefecht gesetzt. Die Folge endet damit, dass Mikono an Bord des Abductors gebracht wird und Neo-DEAVA in Unordnung zurücklässt. Die unmittelbaren Konsequenzen umfassen den Verlust ihres Kameraden, die Enthüllung Mykages als direkter und persönlicher Antagonist und die Bestätigung, dass Mikono eine kritische, unbekannte Macht besitzt, die beide Seiten nun zu kontrollieren suchen. Die Schlussszenen zeigen Amata, der schwört, Mikono zurückzuholen, und bereiten den Weg für eine Rettungsmission gegen einen Gegner, der überwältigende Überlegenheit demonstriert hat.

Das Neo-DEAVA-Trainingslager verlegt die Piloten auf eine abgelegene Insel. Kommandant Shrade führt eine Wassermelonen-Spaltübung ein, um die Elementkontrolle und Synchronisation unter informellen Bedingungen zu bewerten. Zessica wandelt die Übung in einen offenen Wettkampf gegen Mikono um und inszeniert ihn als Wettstreit um Amatas Aufmerksamkeit. Zessica trifft ihre Wassermelone mit präzisen Blitz-Element-Schlägen und zertrümmert sie schnell. Mikono zögert, ihr Licht-Element fluktuiert, als Amata sich nähert, um sie anzufeuern. Eine plötzliche Welle spült Amata ins Meer und löst seine ausgeprägte Angst vor Wasser aus. Mikonos instinktiver Schutzreflex für Amata überwindet ihr Zögern, und ihr freigesetztes Licht-Element spaltet ihre Wassermelone sauber. Die Handlung zeigt Mikonos Wandel von passiver Abhängigkeit zu aktivem Schutz Amatas. Zessica beobachtet das Ergebnis schweigend, ihr früheres Wettkampfvertrauen verhärtet sich zu sichtbarem Groll. Amata hat eine Rückblende zu einer Kindheitserinnerung, in der Wasser ihn von einem mysteriösen Mädchen trennte, was seine Meidung von tiefem Wasser verstärkt. Die Übung endet ohne offiziellen Sieger, doch die romantische Spannung zwischen den dreien vertieft sich zu offener Rivalität. Cayennes präkognitive Vision taucht später auf und deutet auf eine direkte Bedrohung hin, die mit Amatas unterdrückter Erinnerung verbunden ist.

Zessica fertigt am Valentinstag handgemachte Pralinen für Amata an. Mikono überreicht Amata ebenfalls Schokolade, und er nimmt beide an, ohne die romantischen Implikationen zu erkennen. Die Schüler brechen zu einem Thermalbad-Resort auf, doch ein Abductor erscheint und zwingt Neo DEAVA zum Einsatz. Während des Kampfes steuert Zessica den Aquarion gemeinsam mit Amata und Mikono. Ihre ungelösten Gefühle und Eifersucht auf Mikonos Nähe zu Amata lassen ihre Elementarkraft unkontrolliert ansteigen. Die Gliedmaßen des Aquarion frieren ein, und die dunklen Rosenranken des Abductors umschlingen die Maschine. Zessica isoliert sich von den anderen, um weiteren Schaden zu verhindern, doch der Abductor zieht sie in eine separate Dimension. Amata und Mikono sehen zu, wie sie in einer riesigen Rose verschwindet. Die Episode endet mit Zessica, gefangen in der Sphäre des Abductors, ihr Bewusstsein an einen dunklen Duplikat des Aquarion gebunden. Die verbleibenden Piloten stehen vor der dringenden Aufgabe, sie zu retten, während sie der wachsenden Bedrohung durch die gezielten Entführungen der Abductors gegenüberstehen.

Kagura infiltriert Neo DEAVA in einem chaotischen Moment und entführt Mikono, bringt sie zu den Ruinen von Altair, wo einst das ursprüngliche Aquarion stand. Amata und Zessica starten im Aquarion Evol und verfolgen Kaguras Aquarion Spada zu den Ruinen. Kagura stellt sich ihnen entgegen und fordert, dass Mikono als seine Schicksalspartnerin mit ihm kommt. Während des Kampfes ergreift Kagura Mikonos Arm und zerstört ihr Armband, das Gerät, das jeden Mann davon abgehalten hatte, sie zu berühren. Die Zerstörung des Armbands setzt eine Flut gemeinsamer Erinnerungen frei, die enthüllt, dass Amata die Reinkarnation von Apollon und Kagura die Reinkarnation von Sirius ist, beide aus den Ereignissen der Originalserie. Amatas Entschlossenheit, Mikono zu schützen, löst eine neue Fusion im Aquarion Evol aus, das sich in eine mächtigere Form verwandelt und Kagura überwältigt. Zessica bezeugt Amatas unerschütterliche Hingabe zu Mikono und akzeptiert stillschweigend, dass ihre eigene Zuneigung zu ihm nicht erwidert wird. Mikono ist verwirrt, da sie eine unerklärliche Anziehung zu Kagura spürt, trotz ihrer bestehenden Bindung zu Amata. Kagura zieht sich nach seiner Niederlage zurück und schwört, zurückzukehren, um Mikono für sich zu beanspruchen. Die Folge endet mit Amatas Entschluss, Kagura mit allen Mitteln aufzuhalten, während Mikonos innerer Konflikt sich vertieft.

Mikage enthüllt Izumo, dass Altairs Ziel, Frauen von Vega zu fangen, dazu dient, Rear Iglers zu finden – Frauen, die in der Lage sind, Kinder zu gebären, um Altairs Bevölkerung zu erhalten. Er gibt preis, dass Alicia, die schlafende Frau, die Izumo beschützt, auf Vega ein Kind zur Welt brachte, bevor sie nach Altair gebracht wurde, und das Kind zurückließ. Nachdem Mikage gegangen ist, quält er Kagura in seinem Käfig, wodurch die 12.000 Jahre alten Erinnerungen an Apollos und Sylvies Liebe in ihm erwachen. Die Qual verwandelt Kagura, befreit ihn aus dem Käfig und treibt ihn dazu, seinen Mech zu ergreifen, um nach Vega zu gelangen. In Neo DEAVA bleiben Cayenne und Jin aufgrund ihrer Handlungen in der vorherigen Folge inhaftiert. Jin wird freigelassen, während Cayenne eingesperrt bleibt, und Yunoha besucht Jin, was bei ihm sichtbare Verlegenheit auslöst. Amata bereitet sich darauf vor, Mikono in der Cafeteria seine Gefühle zu gestehen, doch Zessica unterbricht den Moment, indem sie abrupt aufbricht, um ihren vergessenen Saft zu holen. Zessica starrt in einen Spiegel und sieht eine Vision von Kagura und Mikono in den Gestalten von Apollo und Sylvie. Gleichzeitig sieht Kagura dieselbe Vision, die sich in seinem Auge widerspiegelt, während Altairs Streitkräfte versuchen, ihn aufzuhalten. Eine schlummernde Kraft erwacht in Kagura und verleiht ihm elementare Flügel, die denen von Amata gleichen. Mit dieser Kraft durchbricht Kagura Altairs Verteidigung, und Mikage öffnet das Dimensionsportal nach Vega. Amata findet Mikono an einem Teich und will seine Gefühle gestehen, doch Mikono blickt ins Wasser und sieht darin Kaguras Spiegelbild statt dem von Amata. Mit dem geöffneten Portal beginnt Kagura seine Überfahrt nach Vega, was eine direkte Konfrontation mit Amata und Mikono an der Schwelle herbeiführt.

Kagura bringt Mikono zu den Mondruinen, wo ein schlafendes Dimensionsportal nach Altair intakt bleibt. Er aktiviert einen gestohlenen Mithra Gana, um den Ort zu verteidigen und Mikono durch das Portal zu zwingen. Amata, Zessica und Andy starten ihre Vector-Maschinen vom Träger der Neo-DEAVA und verfolgen ihn, ohne auf volle Autorisierung zu warten. Am Portal konfrontiert Amata Kagura, der behauptet, Mikono gehöre zu seiner Welt, weil sie die Seele von Sylvia in sich trägt. Mikono weist Kagurads Anspruch zurück und erklärt, sie bestimme ihren eigenen Weg und wähle Amata. Kaguras Wut eskaliert und er greift an, was die drei Neo-DEAVA-Piloten zu einer synchronisierten Kombination zwingt. Ihre Vectors verschmelzen zum wahren Aquarion EVOL, einer Form, die ihre Emotionen verstärkt und alle bisherigen Aquarion-Konfigurationen übertrifft. Die kombinierte Maschine überwältigt Kaguras Mithra Gana, und er zieht sich durch das Portal zurück, das sich hinter ihm schließt. Neo-DEAVA holt Mikono zurück, doch der Sieg beseitigt die Bedrohung nicht, da Mykage aus dem Verborgenen zusieht und erklärt, der Konflikt zwischen den beiden Welten werde sich nun verschärfen. Zessica, die abseits der Wiedervereinigung von Amata und Mikono steht, setzt sich schweigend mit ihrer wachsenden Zuneigung zu Amata auseinander.

Kagura schleppt Mikono durch das Dimensionsportal nach Altair. Amata springt ihnen ohne Befehl vom Neo-DEAVA-Träger nach. Zessica startet im Aquarion Spada, mit Andy und MIX als Unterstützung bei der Verfolgung. Mykage materialisiert auf dem Schlachtfeld und blockiert die Neo-DEAVA-Truppen daran, Amata zurückzuholen. Er zwingt die drei von Amata, Mikono und Zessica gesteuerten Vektoren zu einem Verschmelzungsversuch. Der Aquarion EVOL weigert sich zu kombinieren, bis Mikono freiwillig ins Cockpit einsteigt. Die drei erreichen Synchronisation und formen eine neue Maschine: Aquarion Gepard. Die Evolution reißt einen Riss in der Raumzeit, der Kagura die Flucht mit Mikono ermöglicht. Zessica konfrontiert Amata mit seiner Fixierung auf Mikono, doch ihre Meinungsverschiedenheit bleibt im Chaos ungelöst. Mykage verkündet, dass die Geburt des Aquarion Gepard die Wiederbelebung des legendären Aquarion einleitet. Die Episode endet damit, dass die Neo-DEAVA-Crew in der Altair-Welt gestrandet ist, von ihrer Heimatbasis abgeschnitten und Kaguras Truppen direkt gegenübersteht.

Fudo ruft Amata ins Kommandozentrum und präsentiert eine holographische Genanalyse, die Amata als einen Mischling mit genetischen Markern von Altair identifiziert. Fudo erklärt, dass Amatas Vater ein gefallener Engel war und seine Mutter schwanger von Altair floh. Die anderen Element-Piloten reagieren mit sichtlichem Misstrauen; Andy stellt Amata direkt zur Rede, ob er seine Herkunft verschwiegen habe. Cayennes Haltung versteift sich, und Shrade betrachtet die Daten schweigend. Mikono zieht sich von der Gruppe zurück, meidet Amata und hört Jins letzte Worte immer wieder ab, von Schuldgefühlen über ihre Rolle bei seinem Tod verzehrt. Zessica bemerkt Mikonos Isolation, sagt aber nichts, umklammert stattdessen ihr Element-Gerät, während sie mit ihrer eigenen unausgesprochenen Eifersucht und ihrer wachsenden Anziehung zu Amata ringt. Fudo verhängt keine Strafe, warnt jedoch, dass der Mischlingsstatus Amata zu einem Hauptziel für Mykage macht. Mykage erscheint Amata in einer Vision in einer dunklen Leere und bietet ihm einen Platz in Altair sowie die Freiheit an, sein gefallenes Engelserbe zu nutzen. Amata lehnt das Angebot ab und erklärt seine Loyalität zu Neo DEAVA sowie sein Gelübde, Mikono zu beschützen. Die Entführer starten einen synchronisierten Angriff auf die Stadt, der alle Elements zum Ausrücken zwingt, trotz des gebrochenen Vertrauens unter ihnen. Als Amata, Mikono und Zessica versuchen, sich zum Aquarion zu vereinen, stören ihre widersprüchlichen Emotionen die Synchronisation, was die Maschine instabil zurücklässt, während sich die ersten feindlichen Einheiten nähern.

Neo-DEAVA schickt Amata und Zessica zu den Ruinen einer ehemaligen Stadt, um Sazanka, eine vermisste Elemente, die ihren Posten verlassen hat, zurückzuholen. Sazanka weigert sich zurückzukehren und behauptet, sie finde Frieden fern von den Konflikten der Organisation. Amata versucht, sie zu überzeugen, löst dabei aber unbeabsichtigt seine latente Fähigkeit aus, sich mit den umliegenden Trümmern zu vereinen, was dazu führt, dass die alte Maschinerie ihn absorbiert. Zessica und Sazanka arbeiten zusammen, um Amata zu verankern, doch seine Verschmelzung beschleunigt sich unkontrolliert, sodass das Team Aquarion einsetzen muss. Im Cockpit überwältigt Amatas Kraft das System, verschmilzt den Mecha mit den Ruinen und droht, beide Piloten zu absorbieren. Cayenne, der von der Basis aus überwacht, bestätigt seine Vorahnung, dass Mikonos Anwesenheit die Krise verschärfen wird. Mikono beginnt, dieselbe Melodie zu singen, die einst das ursprüngliche Aquarion beruhigte; der Klang hallt durch die verschmolzenen Strukturen und stabilisiert Amatas Bewusstsein. Die Gruppe extrahiert Sazanka und kehrt zum Schiff zurück, doch der Einsatz enthüllt die wahre Natur von Amatas Fähigkeit: die Kraft, sich mit allem zu vereinen, genannt Arma, die das verbotene Geschenk des ursprünglichen Apollonius widerspiegelt. Die Episode endet mit Cayennes Vision von Mikonos Tod, die unverändert bleibt, und bindet Amatas wachsende Kraft direkt an dieses drohende Schicksal.

Mykage enthüllt seine Absicht, den Aquarion zu nutzen, um die Erbsünde nachzustellen und die Zerstörung der Welt auszulösen. Cayennes präkognitive Visionen enthüllen Fragmente der Vergangenheit, die zeigen, dass der ursprüngliche Aquarion eher als Waffe denn als Retter fungierte. Mykage konfrontiert die Piloten direkt und erklärt, dass ihre wiedergeborenen Selbst dazu verdammt sind, dieselbe Tragödie zu wiederholen. Amata und Mikono versuchen, sich im Aquarion zu vereinen, scheitern jedoch an ungelösten Emotionen, die ihre Synchronisation blockieren. Jin und Yunoha entdecken eine verborgene Kammer und erleben eine Vision ihrer früheren Inkarnationen als Liebende, die in der ursprünglichen Katastrophe umkamen. Die Vision festigt Jins Entschluss, Yunoha zu schützen, doch er erkennt, dass seine Loyalität zu Mykage sie gefährdet. Das Fest der Sonne beginnt und zwingt alle Kräfte, sich an der heiligen Stätte von Altair zu versammeln. Mykage aktiviert den Kern des ursprünglichen Aquarion, reißt den Himmel auf und verzerrt die Realität auf dem Schlachtfeld. Cayenne verliert die Kontrolle über seine Vision und bricht zusammen, während Zessica einen plötzlichen Ansturm gewalttätiger Impulse aus ihren Erinnerungen an frühere Leben erleidet. Die Episode endet damit, dass die Hauptfiguren in einem zusammenbrechenden Dimensionsfeld gefangen sind, während Mykage den Beginn des finalen Rituals verkündet.

Kagura steuert den Schwarzen Aquarion und durchbricht die Verteidigung von Neo DEAVA, wobei er Mikono direkt ins Visier nimmt. Amata stellt sich Kagura im Aquarion Evol entgegen, doch Mikonos plötzliche körperliche Schmerzen unterbrechen die Synchronisation. Mikono bricht zusammen, als Visionen eines früheren Lebens – Erinnerungen an Silvia und Apollonius – ihr Bewusstsein überwältigen. Zessica überwacht Mikonos biologische Daten und bestätigt, dass es sich nicht um Halluzinationen, sondern um echte genetische Erinnerungen handelt. Kagura erklärt, dass Mikono ihm gehöre, und begründet seine Besessenheit mit ihrer gemeinsamen Vergangenheit. Amata weigert sich, Kaguras Anspruch anzuerkennen, und greift den Schwarzen Aquarion erneut an, was zu einem zerstörerischen Zusammenstoß über der Stadt führt. Während des Kampfes absorbiert der Schwarze Aquarion Energie aus der Umgebung und erzeugt einen lokalen Sturm aus dunklem Licht. Mikono, die kurzzeitig wieder klar sieht, ruft nach Amata, was seinen Entschluss stärkt, trotz der Schäden an seiner Maschine weiterzukämpfen. Kaguras unerbittliche Verfolgung rührt von seiner unvollständigen Wiedergeburt her, die es ihm unmöglich macht, vollständig mit seiner eigenen Vergangenheit in Verbindung zu treten. Als der Konflikt eskaliert, bildet sich ein riesiger schwarzer Regenbogen am Himmel, der eine Dimensionsverzerrung signalisiert, die beide Mechas zu verschlingen droht. Das Kommando von Neo DEAVA beginnt mit der Evakuierung der Basis, während die beiden Piloten weiter im Kampf gefangen sind und sich weigern, zurückzuweichen. Der schwarze Regenbogen weitet sich aus und schließt Amata und Kagura in einem separaten Raum ein, in dem ihr Konflikt ein definitives Ende finden muss.

Da Fudo eine Woche nach seiner Abreise immer noch abwesend ist, verlässt Mikono die Neo-Deava-Akademie, um nach ihm zu suchen, obwohl sie kein konkretes Ziel kennt. Mykage erscheint vor Zessica und bietet an, ein Dimensionsportal nach Altair zu öffnen, als Gegenleistung für zukünftige Entschädigung, und setzt ein Siegel auf ihre Stirn. Ein Einsatztrupp, bestehend aus Amata, Zessica, Yunoha, Andy und Shrade, formiert sich, um durch das Portal zu gehen und Mix von Altair zu retten. Das Team infiltriert die andere Welt und entdeckt eine Stadt, die ausschließlich von Männern bewohnt wird, was die Unfähigkeit des Planeten offenbart, Frauen zu erhalten. Als Andys impulsive Aktionen die Sicherheit alarmieren, teilt sich die Gruppe auf, wobei Zessica, Yunoha und Shrade als Köder dienen, während Amata und Andy zu Mix' Standort weitergehen. Ein gefangener Wächter täuscht das Duo, was dazu führt, dass Andy sich als Köder opfert, um Amata die Flucht zu ermöglichen. Während seiner Flucht stolpert Amata über einen versteckten Raum, in dem er seine Mutter Alicia in einer Kapsel schwebend vorfindet. Unterdessen nimmt der Wächter, der sie getäuscht hat, seinen Helm ab und enthüllt das Gesicht von Mix, die sich aufgrund längerer Exposition in Altairs Umgebung körperlich in einen Mann verwandelt hat. Die Episode endet mit Amatas emotionalem Wiedersehen mit seiner Mutter und dem Team, das in einer feindlichen Welt verstreut ist, wobei Mix' veränderter Zustand ihr Schicksal und Andys Reaktion ungewiss lässt.

Mikage ruft die Neo-DEAVA-Mitglieder zum zentralen Altar und enthüllt seine wahre Identität als ein Schattenengel, der den Krieg zwischen Altair und Vega inszeniert hat. Er durchtrennt die dimensionalen Barrieren, wodurch beide Welten beginnen, aufeinander zuzustürzen. Amata, Mikono und die anderen Piloten versuchen, ihn aufzuhalten, stellen jedoch fest, dass ihre Vectors nicht reagieren. Kagura bricht Mikages psychische Kontrolle, greift ihn direkt an und fordert die Wahrheit über seine manipulierte Vergangenheit. Mikage absorbiert Kaguras Angriff und erklärt, dass er die Ereignisse inszeniert hat, um eine Neuauflage der Legende des ursprünglichen Aquarion zu erzwingen. Shrade opfert seine verbleibende Lebensenergie, um Mikages Verteidigungsfeld zu zerschmettern, was den Piloten ermöglicht, Aquarion Evol zu formen. Mikage kontert, indem er eine riesige Engelsgestalt annimmt und mehrere Mitglieder gefangen nimmt, mit der Drohung, sie zu verschlingen. Amata aktiviert eine unerwartete elementare Kraft in Aquarion Evol, die genug Energie freisetzt, um die Gefangenen zu befreien und Mikage zurückzudrängen. Der Sieg erweist sich als vorübergehend, da Mikage in einer kollabierenden Dimension verschwindet und schwört, mit größerer Kontrolle über die verschmolzenen Welten zurückzukehren. Die Crew sammelt sich erneut, nun bewusst, dass Mikages Plan intakt bleibt und dass seine Aufhaltung alles aufs Spiel setzen wird.

Mikono Suzushiro isoliert sich in ihren Quartieren und weigert sich nach Jins Tod, mit irgendjemandem zu sprechen. Amata Sora versucht wiederholt, zu ihr durchzudringen, doch sie wehrt seine Bemühungen ab und macht sich selbst Vorwürfe, Jins Opfer nicht verhindert zu haben. Die Neo-DEAVA-Streitkräfte erkennen einen anfliegenden Angriff der Abductors, und die Piloten mobilisieren zur Abwehr. Während des Kampfes setzt der Feind eine Formation ein, die den Aquarion zu einer instabilen Fusion zwingt und eine fragmentierte Erinnerung des ursprünglichen Aquarion-Piloten Apollonius auslöst. Die Vision enthüllt den Moment, als die Welt erstmals gefror, und verknüpft den aktuellen Konflikt direkt mit dem ursprünglichen Krieg gegen die Shadow Angels. Shrades Lied wird instabil, und die drei Piloten erleben geteilte Erinnerungen, die ihre Verbindungen aus früheren Leben offenbaren. Mikono, noch immer in der Basis, spürt die Störung und den Zug ihrer eigenen unterdrückten Erinnerungen. Zessica Wong kämpft mit ihren unerwiderten Gefühlen für Amata, während sie während des psychischen Feedbacks seine anhaltende Fokussierung auf Mikono beobachtet. Der instabile Aquarion belastet alle drei Piloten körperlich und bringt die Maschine fast zum Zusammenbruch. Cayenne Suzushiro sieht mittels seiner Präkognition eine Vision von Mikonos Verschwinden, was ihn trotz seiner üblichen Distanziertheit zum Eingreifen treibt. Als der Kampf endet, taucht Mikono aus der Abgeschiedenheit mit einem verhärteten Ausdruck auf und signalisiert ihre Absicht, direkt zu handeln. Die Episode endet mit der Andeutung, dass das wahre Hindernis nicht allein bei den Abductors liegt, sondern bei dem Mechanismus, der die gefrorene Welt aufrechterhält.

Mikage enthüllt seine wahre Gestalt als gefallener Engel und absorbiert den kombinierten Aquarion Gepard und Aquarion Spada. Er entzieht den Piloten ihre Elementarkräfte, sodass diese ihre Vektoren nicht mehr beschwören können. Mikage offenbart seinen jahrtausendealten Plan, durch das Ernten menschlicher Seelen ein wahrer Gott zu werden. Amata und Mikono stellen sich ihm im Kern des Aquarion, wo Mikage Amata zwingt, die Wahrheit über seine Geburt zu erfahren. Die Folge bestätigt, dass Amata der Sohn von Apollon und Silvia aus dem ursprünglichen Aquarion ist. Mikage versucht, Mikonos Erinnerungen zu löschen und die Realität nach seinem Willen umzuschreiben. Zessica, die zuvor mit dem Aquarion Gepard verschmolzen ist, wehrt sich gegen Mikages Kontrolle, kann ihn aber nicht aufhalten. Kagura bricht aus seiner Konditionierung aus und greift Mikage an, doch seine Bemühungen erweisen sich als vergeblich. Die Folge endet damit, dass Mikage in eine höhere Ebene aufsteigt, den kombinierten Aquarion mit sich nimmt und Neo-Deava machtlos zurücklässt. Die verbliebenen Besatzungsmitglieder sammeln sich und erkennen, dass sie einen Weg finden müssen, ein Wesen zu besiegen, das ihre Realität transzendiert hat.

Kagura zieht Mikono in die Entführerstadt und verlangt, dass sie ihn als ihren Schicksalspartner anerkennt. Amata und Neo-DEAVA verfolgen sie, doch die Stadt entpuppt sich als das ursprüngliche Vega, der Planet, den die Menschheit vor Jahrtausenden verließ, was ihren Angriff stoppt. Mikono erfährt, dass ihre Vorfahrin, die erste Aquarion-Pilotin, Menschheit und Entführer durch eine verbotene Liebe trennte. Mykage enthüllt seinen Plan: Er hat den Krieg inszeniert, um die Wiedergeburt der ursprünglichen Piloten zu zwingen, sich zu vereinen und das Siegel zu brechen, das die Schattenengel gefangen hält. Zessica, von Eifersucht und Mykages dunklem Einfluss verzehrt, verliert die Kontrolle über ihr Aquarion und greift beide Seiten an. Amata verbindet sich mit Kagura zu Aquarion Gepard, stoppt Zessica vorübergehend, doch die Fusion zwingt Amata, Kaguras Erinnerungen und ihre gemeinsame Herkunft zu erfahren. Die Konfrontation offenbart, dass Amata und Kagura zwei Hälften von Apollons wiedergeborener Seele sind, getrennt durch Mykages Fluch. Mikono weist Kaguras Anspruch zurück und erklärt ihre Liebe zu Amata, was Kaguras Schicksalsglauben zerstört und ihn verwundbar zurücklässt. Mykage nutzt diesen emotionalen Zusammenbruch, um sein Ritual zu vollenden, verwandelt Kagura in ein willenloses Biest und lässt die Dimensionsbarriere kollabieren. Die Schattenengel beginnen, auf die verschmolzene Welt herabzusteigen, während Zessica, völlig korrumpiert, einen letzten Angriff auf Amata startet.

Neo-DEAVA startet einen letzten Angriff auf Altair. Mykage verschmilzt mit der legendären Aquarion Gepard und setzt sie gegen die kombinierte Flotte ein. Amata steuert die Aquarion Spada und greift Mykage direkt an. Kagura bricht Mykages psychischen Griff, lehnt die Manipulation ab und schließt sich den Neo-DEAVA-Piloten an. Mikono tritt vor Amata und Kagura, erklärt ihre Gefühle für beide und zwingt sie, das Dreiecksverhältnis offen anzuerkennen. Die drei vereinen ihre Vektoren und bilden Aquarion EVOL, erreichen eine einheitliche Konfiguration, die Mykages Macht entgegenwirkt. Mykage enthüllt Amatas Ursprung als Wiedergeburt von Apollonius und erklärt, dass Amatas Mutter das ursprüngliche Aquarion durch ihren eigenen Tod versiegelte. Die Schlacht zerstört das Dimensionsportal und schneidet Altairs Invasionsstreitkräfte von ihrer Heimatwelt ab. Zessica versucht aus Eifersucht einzugreifen, doch ihr Vektor wird deaktiviert und sie bleibt am Rand. Mykage zieht sich zurück, anstatt einer totalen Niederlage gegenüberzustehen, und bewahrt so seine Fähigkeit, weiter zu intrigieren. Der Dimensionsriss schließt sich und isoliert die beiden Welten erneut. Amata, Mikono und Kagura akzeptieren, dass ihre Schicksale weiterhin miteinander verbunden sind, ohne einen klaren Weg nach vorn, da Mykages Einfluss noch immer nachwirkt.

Amata greift Kagura an und macht ihn für den Tod seiner Eltern, Izumo und Alicia, verantwortlich. Kagura entgegnet, dass der wahre Urheber seines Leidens Mykage ist, der ihn in Isolation aufgezogen hat. Ihr Zusammenstoß öffnet ein dimensionales Portal, das den Planeten Altair auf direkten Kollisionskurs mit Vega bringt. Andy hält unablässigen Angriffen einer gehirngewaschenen MIX stand, weigert sich aber, zurückzuschlagen, und erklärt, dass seine Liebe ihre körperliche Verwandlung übersteigt. Seine Beharrlichkeit durchbricht ihre Konditionierung, stellt ihre Erinnerungen wieder her und bringt sie zu den Neo-DEAVA-Truppen zurück. Mykage, der Zessicas Körper vollständig absorbiert hat, nimmt Mikono und Kagura gefangen, um seine Rache zu vollenden. Er zwingt Kagura und Mikono, sich in der Legendären Aquarion zu vereinen, und korrumpiert sie zu seiner eigenen Maschine, der Ancient AQ. Fudo enthüllt seine wahre Identität als Apollonius, das Wesen, das Mykage vor 24.000 Jahren erstmals entgegentrat, und stellt sich als letztes Hindernis dar. Während die beiden Welten der Vernichtung entgegengehen und Mykage die korrumpierte Aquarion beherrscht, stehen die überlebenden Elements einem scheinbar unbesiegbaren Feind gegenüber.

Neo DEAVA und die Überreste Altairs treffen am Heiligen Boden zum finalen Angriff zusammen. Mykage manipuliert Kagura und Amata in ein Duell, das alle menschlichen Bindungen durchtrennen soll. Mikono greift ein, gesteht beiden Piloten ihre Liebe und durchbricht den Kreislauf des Hasses. Amata und Kagura legen ihre Rivalität beiseite und fusionieren ihre Aquarion-Einheiten zu Aquarion EVOL. Die kombinierte Maschine zieht Kraft vom Baum des Lebens, um Mykages Kontrolle über die Dimensionsportale zu kontern. Zessica erlangt ihren Willen zurück und gibt ihre eigene Verbindung zum Aquarion auf, wodurch Mikonos gestohlener Körper wiederhergestellt wird. Die Piloten kanalisieren ihre kollektiven Emotionen, zerstören Mykages physische Form und versiegeln sein Wesen in einem Dimensionsriss. Die Zerstörung der Barriere zwischen Vega und Altair ermöglicht beiden Planeten, mit der Regeneration zu beginnen. Ein Jahr später leben Amata und Mikono zusammen, während die anderen Charaktere daran arbeiten, ihre Gesellschaften wiederaufzubauen. Die letzte Szene zeigt Mykages Bewusstsein, das in einem neugeborenen Kind auf Altair überlebt und eine erneute Bedrohung verspricht.