Drei Jahre nachdem der Android Kikaider die Verbrecherorganisation DARK zerstört hat, taucht der böse Professor Gill wieder auf. Er hat überlebt, indem er sein Gehirn in den mächtigen Roboter-Körper von Hakaider verpflanzt hat, und stellt eine neue Hakaider-Truppe zusammen, bestehend aus Rotem Hakaider, Blauem Hakaider und Silbernem Hakaider. Ihr Ziel ist die Weltherrschaft, und der Schlüssel zu ihrem Erfolg liegt bei einem Jungen namens Akira, der ein geheimnisvolles Geheimnis buchstäblich auf seinem Körper trägt. Als das Wiederaufleben des Bösen spürbar wird, erwachen die Schaltkreise eines mächtigen neuen Androiden aus einem langen Schlaf in einer Niou-Statue. Das ist Ichiro, auch bekannt als Kikaider 01, ein solarbetriebener Krieger, der als älterer „Bruder“ des ursprünglichen Helden Jiro (Kikaider) dient. Im Gegensatz zum zerrissenen Jiro ist Ichiro ein selbstbewusster und geradliniger Kampfroboter, der geschworen hat, Akira zu beschützen.

Während Ichiro gegen die Hakaider-Truppe kämpft, wird er von Jiro unterstützt, der seine früheren Qualen überlebt hat. Gemeinsam verteidigen sie Akira und seine Beschützerin Rieko vor den Schurken, die versuchen, die Baupläne für einen verheerenden Riesenroboter freizuschalten, die auf dem Rücken des Jungen verborgen sind. Die Hakaider-Truppe setzt verschiedene Pläne ein und verwandelt sich in monströse Formen wie den Blauen Krokodil und den Roten Tausendfüßler, bevor sie durch die vereinten Anstrengungen der beiden Androiden-Brüder zerstört wird. Doch ihr Sieg ist nur von kurzer Dauer, denn eine größere, geheimnisvollere Organisation namens SHADOW taucht auf, angeführt vom rätselhaften Big Shadow. Der mächtige Shadow Knight wird zu einem neuen Gegner, und Professor Gill wird widerwillig als hochrangiges Mitglied in diese neue Hierarchie aufgenommen, wo er seinen Weg fortsetzt, die ultimative Waffe zu bauen. Der Konflikt eskaliert, als sich herausstellt, dass Professor Gill einen zweiten Sohn namens Hiroshi hat, der die andere Hälfte der Roboter-Baupläne auf seinem Rücken trägt.

Im Verlauf der Serie vertieft sich die Handlung durch die Einführung neuer Verbündeter und Rivalen. Da der Schauspieler von Jiro terminliche Verpflichtungen hat, erscheint eine neue Heldin namens Mari. Sie entpuppt sich als Bijinder, ein weiblicher Android, der ursprünglich von SHADOW geschaffen wurde, um Kikaider 01 zu zerstören. Sie kämpft jedoch mit ihrer Programmierung und verrät schließlich ihre Schöpfer, um eine vertrauenswürdige Verbündete von Ichiro und Jiro zu werden, was der Androiden-Besetzung eine komplexe Ebene von Loyalität und Identität hinzufügt. Die Helden treffen auch auf den wandernden Samurai-Roboter Waruder, der hin- und hergerissen ist zwischen seinem Auftrag, 01 zu töten, und seinen aufkeimenden Gefühlen für Bijinder. Der Kampf gegen SHADOW führt die Helden an verschiedene Fronten und enthüllt schließlich, dass die Organisation eine Basis auf dem Mond hat und eine Armee von Deathbot-Kommandanten befehligt. Der zentrale Handlungsbogen dreht sich um das Rennen, Akira und Hiroshi in Sicherheit zu bringen, um den Armageddon Androiden zu bauen, einen riesigen Teufelsroboter von immenser Kraft, was zu einer finalen Konfrontation führt, in der sich die drei Kikaider-Einheiten vereinen müssen, um eine globale Katastrophe zu verhindern.