Seit jeher befinden sich die Ninja und die Yakuza im Krieg, wobei Blut auf der ganzen Welt vergossen wird, während Imperien aufsteigen und fallen. Diese jahrhundertealte Fehde wird in der Gegenwart neu entfacht, wobei die Ninja als schattenhafte Vollstrecker agieren, die das Böse verbannen, während die Gokudo (Yakuza) einsame Außenseiter sammeln, um Verbrechen zu begehen. Die Geschichte konzentriert sich auf zwei junge Männer: Shinoha Tanaka, ein Ninja, der die Fähigkeit zu lachen verloren hat, und Kiwami Kimura, ein Gangster, der dem Weg der Gokudo folgt und seine wahre Identität hinter der Fassade eines ruhigen Büroangestellten verbirgt. Als diese beiden von entgegengesetzten Seiten einer 300-jährigen Blutfehde aufeinandertreffen, entdecken sie, dass sie ein überraschendes gemeinsames Interesse teilen: eine obsessive Liebe für einen Magical-Girl-Anime namens Princess Flash, und eine unerwartete Freundschaft beginnt sich zu entwickeln.

Die Serie spielt in einer gewalttätigen, überstilisierten Version des modernen Japans, in der Elitekrieger beider Fraktionen übermenschliche Fähigkeiten besitzen. Shinoha ist ein Mitglied der Acht Kaiserlichen Ninja, einer Gruppe mächtiger Vollstrecker, die für die Regierung arbeiten, um das Böse zu beseitigen. Kiwami gehört zu den Acht Gokudo der Zerstörung, den gefürchtetsten Kämpfern der Yakuza, die einen Weg gefunden haben, eigene Kräfte zu erlangen. Während die beiden Männer über ihr gemeinsames Hobby eine Bindung eingehen, bleiben sie sich ihrer wahren Zugehörigkeiten völlig unbewusst, was zu einer angespannten und ironischen Situation führt, in der ihre persönliche Freundschaft wächst, während der Krieg zwischen ihren Organisationen in zunehmend gefährlicheres und blutigeres Terrain eskalert.

Die Erzählung entfaltet sich über mehrere bemerkenswerte Handlungsbögen. Die Geschichte beginnt mit ihrem zufälligen Treffen, doch der Konflikt eskaliert schnell im Bogen Der Blutdurchtränkte Schein von Akasaka, in dem Kiwami die Fassung bewahren muss, als ein Ninja-Kollege ein Gokudo-Treffen überraschend angreift. Darauf folgt der Bogen Lodernde Ritterlichkeit und Gerechtigkeit in Kabuchika, in dem Shinoha zu einem tödlichen Zusammenstoß mit einem jungen, unerfahrenen Gokudo-Mitglied gezwungen wird, der seine Entschlossenheit auf die Probe stellt. Der Krieg weitet sich dramatisch im Bogen Das Große Begräbnis der Liebe aus, einer großangelegten Schlacht, in der eine 30.000 Mann starke Biker-Gang unter der Führung des Bosozoku-Gottes der Gokudo, Hiroki Yajima, auf der Teito-Autobahn auf Shinoha und seine Verbündeten trifft. Der Höhepunkt der Staffel ist der Bogen Todeskampf der Jungen Wahnsinnigen, in dem der Konflikt persönlich wird, als ein mächtiger Feind, Gamute, die Residenz des Premierministers stürmt und Shinoha und Kiwami in ein tödliches Spiel zwingt, das ihre geheime Bindung und ihre Loyalitäten bis zum Zerreißen strapaziert.