"Desert Punk" spielt in einer postapokalyptischen Zukunft, in der Japan zu einer trostlosen Wüstenlandschaft geworden ist. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Kanta Mizuno, besser bekannt als "Desert Punk", einen skrupellosen und gerissenen Kopfgeldjäger, der in der rauen Umgebung überlebt, indem er Aufträge für Geld und Ressourcen annimmt. Kanta ist bekannt für seine Fähigkeiten im Umgang mit Waffen und seine List, aber auch für seinen übertriebenen Sinn für Humor und seine Vorliebe für Frauen.

Die Serie beginnt mit Kanta, der in der Wüste nach Arbeit sucht und dabei auf verschiedene Charaktere trifft, darunter Kosuna, ein junges Mädchen, das sich ihm anschließt und seine Schülerin wird. Obwohl Kanta zunächst widerwillig ist, entwickelt sich zwischen den beiden eine ungewöhnliche Beziehung, die von gegenseitigem Nutzen und gelegentlicher Rivalität geprägt ist. Kosuna ist entschlossen, von Kanta zu lernen, um selbst eine erfolgreiche Kopfgeldjägerin zu werden, während Kanta sie oft als Last betrachtet.

Im Laufe der Serie wird die Dynamik der postapokalyptischen Welt erkundet, in der verschiedene Fraktionen um Macht und Ressourcen kämpfen. Kanta gerät in Konflikte mit rivalisierenden Kopfgeldjägern, korrupten Organisationen und gefährlichen Mutanten. Dabei zeigt er immer wieder seine Fähigkeit, sich aus scheinbar ausweglosen Situationen zu befreien, oft durch List und Manipulation.

Ein wiederkehrendes Element der Handlung ist Kantas ambivalente Moral. Obwohl er oft eigennützig handelt, gibt es Momente, in denen er unerwartete Züge von Großzügigkeit oder Loyalität zeigt. Diese Komplexität macht ihn zu einem faszinierenden Charakter, der nicht einfach in die Kategorie "Held" oder "Schurke" passt.

Die Serie kombiniert Action, Humor und gelegentliche Momente der Ernsthaftigkeit, während sie die Herausforderungen des Überlebens in einer feindseligen Umwelt thematisiert. Die Beziehung zwischen Kanta und Kosuna entwickelt sich im Laufe der Handlung, wobei beide Charaktere sich gegenseitig beeinflussen und verändern. Die postapokalyptische Welt wird durch eine Mischung aus düsteren Landschaften und skurrilen Charakteren lebendig, die die Absurdität und Härte des Lebens in der Wüste verdeutlichen.