"Nadia - The Secret of Blue Water: The Motion Picture" ist ein Anime-Film, der auf der gleichnamigen Serie basiert und eine alternative Zusammenfassung der Handlung bietet. Die Geschichte spielt im späten 19. Jahrhundert und dreht sich um Nadia, ein junges Mädchen mit einem mysteriösen blauen Medaillon, und Jean, einen erfinderischen Jungen. Die beiden treffen sich zufällig und werden in ein Abenteuer verwickelt, das sie um die ganze Welt führt.

Zu Beginn des Films wird Nadia von einer Gruppe von Verbrechern verfolgt, die ihr Medaillon stehlen wollen. Jean hilft ihr zu entkommen, und gemeinsam fliehen sie mit einem selbstgebauten Flugzeug. Dabei stoßen sie auf Captain Nemo, den geheimnisvollen Kapitän des fortschrittlichen U-Boots Nautilus. Nemo bietet ihnen Schutz und nimmt sie mit auf eine Reise, die sie in Konflikt mit der Neo-Atlantis-Organisation bringt, einer bösartigen Gruppe, die die Macht des Medaillons für ihre eigenen Zwecke nutzen will.

Im Laufe der Reise enthüllt sich, dass Nadias Medaillon ein Schlüssel zu einer uralten und mächtigen Technologie ist, die mit dem verlorenen Kontinent Atlantis verbunden ist. Neo-Atlantis, angeführt von dem skrupellosen Gargoyle, versucht, diese Technologie zu kontrollieren, um die Welt zu beherrschen. Nadia und Jean müssen sich mit Nemo und seiner Crew verbünden, um dies zu verhindern.

Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Handlung weiter. Nadia, anfangs misstrauisch und zurückhaltend, lernt, anderen zu vertrauen, während Jean seine Erfindungsgabe und seinen Mut unter Beweis stellt. Captain Nemo bleibt eine rätselhafte Figur, deren Motive und Vergangenheit langsam enthüllt werden. Der Film kombiniert Elemente von Abenteuer, Science-Fiction und historischem Drama, wobei die Handlung durch die Suche nach Wahrheit und die Konfrontation mit moralischen Dilemmata vorangetrieben wird.

Der Höhepunkt des Films zeigt eine epische Schlacht zwischen der Nautilus und den Streitkräften von Neo-Atlantis, bei der die Zukunft der Welt auf dem Spiel steht. Die Auflösung der Geschichte verbindet die Schicksale der Charaktere mit den Geheimnissen von Atlantis und dem blauen Medaillon, wobei Themen wie Freundschaft, Verantwortung und die Folgen von Machtmissbrauch im Mittelpunkt stehen.