"Shadows House" ist eine Anime-Serie, die in einer geheimnisvollen, viktorianisch anmutenden Welt spielt, in der die Bewohner des titelgebenden Herrenhauses, die sogenannten "Shadows", als schattenhafte Wesen existieren. Diese Wesen produzieren ständig Ruß, der als Symbol für ihre Emotionen und ihren Status gilt. Jeder Shadow wird von einem lebenden Puppen-Diener, einem "Living Doll", begleitet, die nicht nur als Diener fungieren, sondern auch als "Gesichter" ihrer Herren, da die Shadows selbst keine erkennbaren Gesichtszüge besitzen.

Die Handlung konzentriert sich auf die junge Living Doll Emilico, die ihrem Shadow, Kate, dient. Emilico ist neugierig, lebhaft und voller Energie, während Kate ruhig, nachdenklich und geheimnisvoll ist. Die Beziehung zwischen den beiden entwickelt sich im Laufe der Serie von einer rein dienstlichen zu einer tiefen Freundschaft, während sie gemeinsam die Geheimnisse des Shadows House erkunden. Dabei stoßen sie auf eine Hierarchie, in der die Shadows und ihre Dolls regelmäßig Prüfungen unterzogen werden, um ihren Wert und ihre Loyalität zu beweisen. Diese Prüfungen sind oft gefährlich und bergen unerwartete Herausforderungen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass das Shadows House von einer strengen Ordnung und undurchsichtigen Regeln geprägt ist. Die höchste Autorität liegt bei den "Adults", den erwachsenen Shadows, die die Geschicke des Hauses lenken. Es gibt jedoch Hinweise auf dunkle Geheimnisse, die mit der Natur der Shadows und der Rolle der Living Dolls verbunden sind. Emilico und Kate beginnen, Fragen zu stellen und die Strukturen des Hauses zu hinterfragen, was sie in Konflikt mit den etablierten Mächten bringt.

Weitere wichtige Charaktere sind Shaun und John, zwei weitere Living Dolls und ihre Shadows, die mit Emilico und Kate interagieren und gemeinsam die Prüfungen bestehen müssen. Die Serie untersucht Themen wie Identität, Loyalität und die Natur von Menschlichkeit, während die Charaktere versuchen, ihre eigene Rolle in der komplexen Welt des Shadows House zu verstehen. Die Handlung ist geprägt von mysteriösen Enthüllungen, die die Zuschauer in eine düstere, aber faszinierende Welt eintauchen lassen.