"Fate/kaleid liner Prisma Illya 2wei!" (OVA) S2 setzt die Geschichte von Illya, einer jungen Magierin, fort, die als Prisma-Magical Girl agiert. Die Handlung knüpft direkt an die Ereignisse der vorherigen Staffel an, in der Illya und ihre Freundin Miyu gegen mächtige Gegner kämpften, um magische Karten einzusammeln. In dieser Staffel wird die Handlung durch die Einführung eines neuen Charakters, Kuro, erweitert. Kuro ist ein mysteriöses Mädchen, das Illyas Aussehen teilt und scheinbar aus einer alternativen Realität stammt. Ihre Ankunft bringt neue Konflikte mit sich, da sie zunächst als Gegnerin auftritt und Illya herausfordert.

Die Beziehung zwischen Illya und Kuro entwickelt sich im Laufe der Handlung von Feindseligkeit zu einer komplexen Dynamik, die von Rivalität und zunehmendem Verständnis geprägt ist. Kuro besitzt Fähigkeiten, die Illyas Magie weit übertreffen, was Illya dazu zwingt, ihre eigenen Grenzen zu überwinden. Gleichzeitig wird Miyu in die Konflikte hineingezogen, da ihre Vergangenheit und ihre Verbindung zu den magischen Karten eine zentrale Rolle spielen. Die Staffel erkundet auch die Hintergründe der Charaktere, insbesondere Kuros Herkunft und ihre Verbindung zu Illya, was zu emotionalen und actiongeladenen Momenten führt.

Neben den Kämpfen und der Charakterentwicklung spielt der Humor eine wichtige Rolle, wobei die Serie oft auf Slapstick und komödiantische Szenen zurückgreift, um die Spannung aufzulockern. Die magischen Kämpfe sind visuell eindrucksvoll und bleiben ein zentrales Element der Handlung. Die Staffel endet mit einem Cliffhanger, der die Grundlage für weitere Entwicklungen in der Serie schafft und die Zuschauer auf die Fortsetzung neugierig macht.