Ein frecher Geisterjunge namens Q-Taro zieht bei der Familie Ohara ein, nachdem er aus einem mysteriösen Ei geschlüpft ist, das der junge Shota Ohara findet. Obwohl er ein Geist aus einem Ort namens Geisterland ist, der auf den Wolken schwebt, ist Q-Taro gutmütig, einfühlsam und liebenswert, auch wenn er zugleich ein zerstreuter Unruhestifter ist, der es liebt, Streiche zu spielen, Leute zu erschrecken und Essen zu stehlen. Er besitzt typische Geisterfähigkeiten wie durch den Himmel zu fliegen, unsichtbar zu werden, durch Wände zu gehen und mit Tieren zu sprechen, hat jedoch eine auffällige Schwäche: eine verzweifelte, überwältigende Angst vor Hunden. Ihm fehlt auch die Fähigkeit, andere Gestalten anzunehmen, eine Fertigkeit, die die meisten anderen Geister besitzen.

Die Geschichte entfaltet sich im alltäglichen Umfeld von Shotas Zuhause und Nachbarschaft und konzentriert sich auf die komödiantischen und herzerwärmenden Probleme, die Q-Taro für die Familie Ohara verursacht, zu der Shota, sein älterer Bruder Shinichi und ihre Eltern gehören. Q-Taro wird bester Freund von Shota, einem jungen Schuljungen mit schlechten Noten, und begleitet ihn auf seinen Abenteuern und Missgeschicken mit seinen Klassenkameraden. Zu ihrem Freundeskreis gehören die freundliche Musterschülerin Yoshiko, der geniale aber kahlköpfige Erfinder namens Hakase und der als Godzilla bekannte Schulfiesling, der oft von seinen Handlangern Kizao, Inari und Tanuki begleitet wird. Die Serie zeigt häufig, wie Q-Taro seine Kräfte einsetzt, um Shota bei Problemen zu helfen, sei es beim Gewinn eines Baseballspiels, beim Umgang mit einem Nachbarschaftsrowdy oder beim Versuch, seine eigenen albernen Ängste zu überwinden.

Die Handlung weitet sich deutlich mit der Ankunft weiterer Geister aus Geisterland aus. Q-Taros jüngere Schwester P-ko und sein Babybruder O-Jiro ziehen in die Menschenwelt, und O-Jiros einzigartige Sprache, die nur aus dem Wort bakeratta besteht, wird zu einem beliebten Element. Q-Taros Hauptrivale ist Doronpa, ein kultivierter und arrogamer amerikanischer Geist, der sich verwandeln kann und oft auf Q-Taro herabsieht, was zu vielen humorvollen und egoistischen Auseinandersetzungen führt. Q-Taro hat auch eine burschikose Freundin namens U-ko, eine Judo-Expertin, die stärker ist als er und ihn oft als Übungspuppe benutzt. Die Serie besteht aus abgeschlossenen, in sich geschlossenen Geschichten, die das Alltagsleben der menschlichen Kinder und ihrer Geisterfreunde darstellen und Themen wie Freundschaft und das tägliche Chaos mit einem übernatürlichen Wesen im Haus hervorheben.

Während die meisten Episoden heitere Komödien sind, hat die Originalgeschichte ein endgültiges und bittersüßes Ende. Nach drei Jahren des Zusammenlebens beschließt Q-Taro, die Familie Ohara verlassen zu müssen, um die Welt zu erkunden und mehr Dinge allein zu lernen, da er das Gefühl hat, nicht für immer auf ihre Güte angewiesen sein zu können. Ein späteres, ergreifenderes Ende zeigt Shota als verheirateten 25-jährigen Angestellten. Q-Taro kehrt für einen Besuch zurück, merkt aber bald, dass sein alter Freund nun eine Familie und erwachsene Verantwortungen hat, wodurch für einen verspielten Geist kein wirklicher Platz mehr bleibt. Er fühlt sich wie ein Eindringling und ist von Einsamkeit überwältigt, woraufhin Q-Taro leise abreist und damit eine traurige, aber endgültige Verabschiedung von ihrer Kindheitsfreundschaft markiert.