Die OVA "Angel of Darkness" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit von einer mysteriösen Bedrohung heimgesucht wird. Die Handlung dreht sich um eine junge Frau namens Aya, die als Auftragskillerin arbeitet und über übernatürliche Fähigkeiten verfügt. Aya wird von einer geheimen Organisation angeheuert, um eine Reihe von Zielen zu eliminieren, die scheinbar mit der Bedrohung in Verbindung stehen. Im Laufe der Missionen enthüllt sich, dass die Ziele nicht nur gewöhnliche Menschen sind, sondern auch Kreaturen, die von dunklen Kräften kontrolliert werden.

Aya wird von einem mysteriösen Mann namens Cain begleitet, der ebenfalls übernatürliche Kräfte besitzt und eine undurchsichtige Agenda verfolgt. Die Beziehung zwischen Aya und Cain ist von Misstrauen und gegenseitiger Abhängigkeit geprägt, da beide ihre eigenen Ziele verfolgen, während sie zusammenarbeiten. Cain scheint mehr über die wahre Natur der Bedrohung zu wissen, als er preisgibt, und seine Motive bleiben bis zum Ende der OVA weitgehend unklar.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von gewalttätigen und actionreichen Konfrontationen, in denen Aya ihre Fähigkeiten gegen die dunklen Kreaturen einsetzt. Dabei wird langsam deutlich, dass die Bedrohung, der sie gegenübersteht, eng mit ihrer eigenen Vergangenheit verbunden ist. Aya wird mit Erinnerungen an ihre Kindheit und die Umstände, die sie zu dem gemacht haben, was sie ist, konfrontiert. Diese Rückblenden enthüllen, dass sie Teil eines Experiments war, das darauf abzielte, menschliche Waffen zu schaffen, und dass ihre Fähigkeiten das Ergebnis genetischer Manipulationen sind.

Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt. Aya und Cain trennen sich nach der Erfüllung ihrer Mission, wobei unklar bleibt, ob sie ihre eigenen Ziele erreicht haben oder ob sie weiterhin Spielzeuge größerer Mächte sind. Die Bedrohung, die die Menschheit heimsucht, bleibt bestehen, und die Zukunft der Charaktere ist ungewiss. Die Handlung hinterlässt Fragen nach der Natur von Gut und Böse, der Rolle des Schicksals und der Möglichkeit der Erlösung in einer von Gewalt und Dunkelheit geprägten Welt.