Wenn nicht identifizierte parasitäre Sporen vom Himmel fallen, beginnen sie, menschliche Wirte zu übernehmen, indem sie durch die Ohren, die Nase oder den Mund eindringen und das Gehirn des Wirts verzehren, wodurch dessen Bewusstsein vollständig gelöscht wird. Die Parasiten können ihre Köpfe in tödliche, klingenartige Tentakel verwandeln, um Menschen zu jagen und zu verschlingen, um zu überleben. Die südkoreanische Regierung bildet eine geheime Spezialeinheit namens Team Grey unter der Führung von Choi Jun-kyung, deren Ehemann von einem Parasiten getötet wurde, um diese Monster aufzuspüren und zu vernichten.

Die Geschichte konzentriert sich auf Jeong Su-in, eine Kassiererin in einem Lebensmittelgeschäft mit einer traumatischen Kindheit, die von Missbrauch durch ihren Vater geprägt ist. Nach einer Auseinandersetzung mit einem wütenden Kunden, der ihr nach Hause folgt, sticht er sie wiederholt und lässt sie auf einer verlassenen Straße zum Sterben zurück. In dem Moment ihres nahen Todes dringt ein Parasit in ihren Körper ein. Da Su-in beim Eindringen des Parasiten lebensgefährlich verletzt war, gelingt es diesem nicht, ihr Gehirn zu übernehmen. Stattdessen heilt er ihre Wunden, wodurch eine symbiotische Koexistenz entsteht, in der Mensch und Parasit einen Körper teilen. Su-in nennt ihren Parasiten Heidi, und Heidi kann nur fünfzehn Minuten pro Tag die Kontrolle übernehmen, typischerweise nur dann, wenn Su-in in tödlicher Gefahr ist.

Parallel zu Su-ins Geschichte versteckt sich Seol Kang-woo, ein einfaches Bandenmitglied, vor einer rivalisierenden Bande nach einem gescheiterten Attentat auf einen Bandenführer. Er kehrt in seine Heimatstadt zurück, um seine vermisste jüngere Schwester zu suchen, und entdeckt, dass seine ältere Schwester von einem Parasiten übernommen wurde und nun Teil einer parasitären Organisation ist, die sich an einem Ort namens Saejin-Kirche versammelt. Kang-woo kreuzt den Weg von Su-in und Heidi, und die beiden werden widerwillige Verbündete.

Team Grey untersucht ein Massaker auf einem EDM-Festival, bei dem ein Parasit Dutzende von Menschen vor laufender Kamera abschlachtet. Captain Choi Jun-kyung enthüllt, dass die Parasiten vor Monaten weltweit gefallen sind und sich nun zu Gruppen organisieren. Das Team entdeckt, dass einige Parasiten eine pseudo-religiöse Organisation in der Saejin-Kirche gebildet haben, wo sie koordinieren und rekrutieren. Detective Kim Chul-min, der Beamte, der Su-in vor Jahren vor ihrem missbräuchlichen Vater gerettet hat, wird in die Untersuchung verwickelt und schützt Su-in sowohl vor Team Grey als auch vor den Parasiten, die sie als Anomalie betrachten.

Im Laufe der Staffel verrät der Anführer der Parasiten, Pastor Kwon, seine eigene Art in einem Machtstreben, mit dem Plan, den Bürgermeister der Stadt zu infizieren und die Kontrolle über die menschliche Gesellschaft zu übernehmen. Su-in und Heidi lernen zusammenzuarbeiten, ihre beiden Bewusstseine finden allmählich gemeinsamen Boden trotz ihrer grundlegend unterschiedlichen Naturen. Im Finale bildet sich ein Bündnis zwischen Su-in, Heidi, Kang-woo, Kang-woos infizierter Schwester Kyung-hee und Team Grey, um Pastor Kwons Plan zu stoppen. Captain Jun-kyung steht vor einem moralischen Dilemma, als sie entscheiden muss, ob sie Heidi oder einem infizierten Polizeibeamten vertrauen soll, und entscheidet sich letztlich, Su-in zu verschonen und ihren Hybridstatus geheim zu halten.

Nach der Bewältigung der Krise trifft ein investigativer Journalist im Hauptquartier von Team Grey ein und bietet Hilfe beim Verständnis des Ursprungs der Parasiten an. Dieser Journalist ist Shinichi Izumi, der Protagonist des originalen japanischen Mangas, nun erwachsen und hat das Studium der Parasiten fortgesetzt, gegen die er einst zusammen mit seinem eigenen Partner Migi gekämpft hat. Sein Auftreten etabliert das gemeinsame Universum zwischen der koreanischen Adaption und dem originalen Quellmaterial. Su-in akzeptiert ihre Koexistenz mit Heidi, und Kang-woo schließt sich Team Grey an, was den Weg für weitere Kämpfe gegen die parasitäre Bedrohung ebnet.