Ein mysteriöser Albtraum erschüttert Fuyuki Hinata, in dem er miterlebt, wie das Keroro-Team zu Stein erstarrt und die Welt einer unbekannten Zerstörung gegenübersteht. Nach dem Aufwachen erhält er von seiner Freundin Alisa Southerncross eine seltsame Steinstatue, ein Relikt von der Osterinsel, das eine unheimliche Ähnlichkeit mit dem außerirdischen Sergeant Keroro selbst aufweist. Fasziniert überredet Fuyuki Keroro zu einem geheimen Abenteuer auf die reale Insel, die für ihre Moai-Statuen berühmt ist, in der Hoffnung, den Zusammenhang aufzudecken.

Als sich ihr Flugzeug der südpazifischen Insel nähert, werden sie von einem plötzlichen, heftigen Angriff eines unsichtbaren Feindes abgeschossen und dabei getrennt. Verloren und allein entdeckt Fuyuki, dass die Insel ein Knotenpunkt übernatürlicher Kräfte ist. Er trifft auf die Mana, verspielte, farbenfrohe Geister, die das Land bewohnen, und auf ein mysteriöses Zwillingspaar namens Io und Rana. Diese Kinder besitzen die außergewöhnliche Fähigkeit, Seelen und Zeit zu manipulieren, und enthüllen, dass die Insel auch das Reich eines legendären und zerstörerischen bösen Geistes ist.

Diese bösartige Entität, AkuAku, ist ein mächtiger, zyklopischer, violetter Geist, der die Menschheit auslöschen will. Seine furchterregende Fähigkeit ist es, das Wissen und die Fertigkeiten anderer zu absorbieren, ihre Kräfte zu kopieren und mit seiner eigenen Gestalt zu verschmelzen. Einer nach dem anderen jagt er die Mitglieder des Keroro-Platoons – Tamama, Giroro, Kururu und Dororo – absorbiert sie und verwandelt sie in verdrehte, mächtige Versionen der Soldaten, genannt AkuKeronians, die er als seine Waffen einsetzt. Sogar Sergeant Keroro fällt, sein Körper scheint durch den Ansturm zerstört.

Getrennt von seinen Freunden und einem unbesiegbaren Feind gegenüber, wird Keroros Bewusstsein durch die Kraft der Zwillinge in die Vergangenheit transportiert, wobei seine Seele in die ursprüngliche Steinstatue verwandelt wird, die Alisa gefunden hat. Dieser Akt der Zeitmagie ermöglicht es ihm, eine uralte Kraft anzuzapfen und nicht als einfacher Eindringling zu erwachen, sondern als der legendäre Maha Maha, der mythische Schutzgott der Insel – eine riesige, pflanzenartige Entität mit einem Spross auf dem Kopf. Nun als ultimativer Beschützer wiedergeboren, muss dieser neue Keroro gegen AkuAku kämpfen, um seine Kameraden zu retten und zu verhindern, dass das uralte Böse die ganze Welt verschlingt.