Die Anime-Serie "s-CRY-ed" spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der ein mysteriöses Ereignis, bekannt als die "Grosse Verdrehung", die japanische Halbinsel Kanagawa in eine isolierte und veränderte Landschaft verwandelt hat. In dieser neuen Umgebung entwickeln einige Menschen übernatürliche Fähigkeiten, die als "Alter" bezeichnet werden. Diese Fähigkeiten manifestieren sich in Form von einzigartigen Kräften, die von den Nutzern kontrolliert werden können. Die Gesellschaft ist gespalten in diejenigen, die über diese Kräfte verfügen, und diejenigen, die sie nicht besitzen.

Die Handlung konzentriert sich auf zwei Hauptfiguren: Kazuma, einen unabhängigen und rebellischen "Alter"-Nutzer, der als "Native" bezeichnet wird, und Ryuho, einen disziplinierten und pflichtbewussten Agenten der Organisation "HOLD", die darauf abzielt, die "Alter"-Nutzer zu kontrollieren und zu regulieren. Kazuma lebt als Einzelgänger und kämpft ums Überleben, während Ryuho als Mitglied von HOLD versucht, die Ordnung in der chaotischen Welt aufrechtzuerhalten. Beide Charaktere sind durch ihre unterschiedlichen Ansichten und Ziele in einen Konflikt verwickelt, der sich im Laufe der Serie zuspitzt.

Die Serie erkundet die Dynamik zwischen diesen beiden Protagonisten, ihre persönlichen Motivationen und die moralischen Grauzonen, die ihre Handlungen prägen. Kazuma strebt nach Freiheit und Unabhängigkeit, während Ryuho an die Notwendigkeit von Kontrolle und Struktur glaubt. Ihre Wege kreuzen sich immer wieder, was zu intensiven Kämpfen und einer zunehmenden Rivalität führt. Neben den Hauptfiguren gibt es eine Vielzahl von Nebencharakteren, darunter andere "Alter"-Nutzer und Mitglieder von HOLD, die die Handlung bereichern und die komplexe Welt weiter ausbauen.

Im Verlauf der Serie wird die Geschichte durch politische Intrigen, persönliche Konflikte und die Entdeckung der wahren Natur der "Alter"-Kräfte vorangetrieben. Die Handlung entwickelt sich von einfachen Konfrontationen zu einer tieferen Auseinandersetzung mit den Themen Macht, Identität und die Konsequenzen von menschlichem Handeln in einer instabilen Welt. Die Serie endet mit einem finalen Konflikt, der die Schicksale der Hauptfiguren entscheidend prägt und die zentralen Themen der Geschichte abschließt.