"Rockman.EXE Beast+" ist die Fortsetzung der "Rockman.EXE"-Serie und setzt die Abenteuer von Lan Hikari und seinem NetNavi MegaMan.EXE fort. Die Handlung spielt in einer Welt, in welche die reale und die virtuelle Welt eng miteinander verbunden sind. Die Serie führt die sogenannte "Beast-Out"-Technologie ein, eine mächtige Fähigkeit, die es NetNavis ermöglicht, sich in Bestien zu verwandeln und ihre Kräfte erheblich zu steigern. Diese Technologie birgt jedoch auch Risiken, da sie die NetNavis unkontrollierbar machen kann.

Lan und MegaMan stehen vor neuen Herausforderungen, als eine mysteriöse Organisation namens "Nebula" auftaucht, die die Beast-Out-Technologie für ihre eigenen Zwecke missbraucht. Nebula versucht, die Kontrolle über die virtuelle Welt zu erlangen und bedroht damit sowohl die digitale als auch die reale Welt. Lan und MegaMan müssen sich mit neuen Verbündeten zusammentun, darunter Chaud Blaze und sein NetNavi ProtoMan.EXE, um Nebula zu stoppen und die Balance zwischen den Welten wiederherzustellen.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Lan und MegaMan weiter vertieft, während sie sich mit den Konsequenzen der Beast-Out-Technologie auseinandersetzen. MegaMan muss lernen, seine neuen Kräfte zu kontrollieren, ohne sich selbst zu gefährden. Gleichzeitig wird die Bedrohung durch Nebula immer größer, da sie mächtige Gegner wie den mysteriösen Duo und den gefährlichen Nebula-Gray erschaffen.

Die Serie kombiniert Action, Spannung und emotionale Momente, während Lan und MegaMan gegen eine Vielzahl von Gegnern kämpfen, um die Welt zu retten. Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Kämpfen und strategischen Auseinandersetzungen, die sowohl in der realen als auch in der virtuellen Welt stattfinden. Am Ende gelingt es Lan und MegaMan, Nebula zu besiegen und die Beast-Out-Technologie zu beherrschen, wodurch sie die Stabilität der beiden Welten wiederherstellen.