In "Ai City" spielt die Handlung in einer dystopischen Zukunft, in der die Welt von einer mysteriösen Macht namens "Ain" kontrolliert wird. Die Stadt, in der die Geschichte angesiedelt ist, wird von einer undurchsichtigen Regierung beherrscht, die ihre Bürger streng überwacht und manipuliert. Die Protagonistin, Ai, ist ein junges Mädchen mit übernatürlichen Fähigkeiten, die sie von ihrer verstorbenen Mutter geerbt hat. Diese Kräfte machen sie zu einer Schlüsselfigur im Kampf gegen die Unterdrückung.

Ai trifft auf eine Gruppe von Rebellen, die gegen das Regime kämpfen. Unter ihnen ist der charismatische Anführer Ryō, ein ehemaliger Wissenschaftler, der die Wahrheit über Ains Macht und die dunklen Geheimnisse der Stadt aufdecken will. Zusammen mit weiteren Mitgliedern der Widerstandsbewegung, darunter der technisch begabte Jun und die kämpferische Maki, versucht Ai, die Kontrolle der Regierung zu brechen und die Freiheit der Bürger wiederherzustellen.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Ains Einfluss auf die Stadt tiefer reicht, als es den Anschein hat. Die Regierung nutzt fortschrittliche Technologie und psychologische Manipulation, um die Bevölkerung zu kontrollieren. Ai und ihre Verbündeten müssen nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch gegen ihre eigenen Ängste und Zweifel. Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Verrat, Loyalität und der Suche nach Identität.

Ein zentrales Thema ist die Frage nach dem Preis der Freiheit und den moralischen Dilemmata, die mit dem Widerstand gegen eine übermächtige Autorität einhergehen. Die Charaktere werden vor schwierige Entscheidungen gestellt, die oft keine klaren Antworten bieten. Die Beziehung zwischen Ai und Ryō spielt eine wichtige Rolle, da sie sowohl von Vertrauen als auch von Konflikten geprägt ist.

Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, bei dem Ai ihre Kräfte vollständig entfaltet, um die Stadt von Ains Einfluss zu befreien. Dabei wird die wahre Natur ihrer Fähigkeiten und ihre Verbindung zu ihrer Mutter enthüllt. Der Film endet mit einem offenen Ausblick auf die Zukunft der Stadt und ihrer Bewohner, wobei die Frage nach der Nachhaltigkeit des errungenen Sieges im Raum steht.