In der ruhigen, malerischen japanischen Stadt Morioh im Jahr 1999 beginnen seltsame Ereignisse aufzutauchen. Der Oberschulneuling Josuke Higashikata entdeckt, dass er der uneheliche Sohn von Joseph Joestar und der Onkel von Jotaro Kujo ist, einem Mann, der in der Stadt eintrifft, um eine wachsende Zahl übernatürlicher Vorfälle zu untersuchen. Josuke besitzt eine mächtige Manifestation seiner Lebensenergie namens Stand, genannt Crazy Diamond, die die bemerkenswerte Fähigkeit hat, jedes beschädigte Objekt oder jede Person in ihren ursprünglichen, unbeschädigten Zustand zurückzuversetzen, obwohl sie den Benutzer selbst nicht heilen oder die Toten wiederbeleben kann. Jotaro, der das zeitstoppende Star Platinum führt, enthüllt, dass ein mystischer Bogen und Pfeil verwendet wird, um neue Stand-Benutzer in ganz Morioh zu erschaffen, und nicht alle haben friedliche Absichten.

Als Josuke und sein schüchterner aber mutiger Freund Koichi Hirose tiefer graben, konfrontieren sie einen verdorbenen Serienmörder namens Anjuro Katagiri, bekannt als Angelo, der einen wasserbasierten Stand namens Aqua Necklace einsetzt. Nach einem heftigen Kampf besiegt Josuke Angelo und vollstreckt eine einzigartige Form der Gerechtigkeit, indem er Crazy Diamond nutzt, um ihn dauerhaft mit einem großen Felsen zu verschmelzen, wodurch der Mörder als grotesker Teil der Stadtlandschaft zurückbleibt. Die Suche nach dem Bogen und Pfeil führt sie zu den Nijimura-Brüdern, Keicho und Okuyasu. Keicho hat den Pfeil verwendet, um zufällig Bürger zu durchbohren, in der Hoffnung, einen Stand zu erschaffen, der mächtig genug ist, das Leiden ihres mutierten, unsterblichen Vaters zu beenden. In einer klimatischen Konfrontation wird Keicho nicht von Josuke oder Jotaro niedergestreckt, sondern von einem versteckten Feind namens Akira Otoishi, der den elektrischen Stand Red Hot Chili Pepper nutzt, um Keicho zu töten und den Pfeil zu stehlen. Bewegt vom Tod seines Bruders schließt sich der einfältige aber mächtige Okuyasu, dessen Stand The Hand alles auslöschen kann, was er wischt, Josukes Gruppe an, um Rache zu suchen.

Die Erzählung wechselt von einer geradlinigen Jagd nach dem Pfeil zu einem dunkleren, spannungsgeladeneren Geheimnis, während das Team Otoishi verfolgt. Nach einer Reihe von Kämpfen in ganz Morioh, einschließlich eines angespannten Showdowns an einem kritischen Elektrizitätswerk, besiegen sie schließlich den arroganten Gitarristen und nehmen den Pfeil zurück. Mit dieser neutralisierten Bedrohung kehrt kurzzeitig Frieden nach Morioh zurück, was Jotaro ermöglicht, den Pfeil in Gewahrsam zu nehmen. Allerdings endet der Film mit der ominösen Einführung eines scheinbar gewöhnlichen und gutaussehenden Büroangestellten namens Yoshikage Kira, eines Serienmörders, der jahrelang unentdeckt in der Stadt operiert hat. Getrieben von einem Fetisch für Frauenhände und einem verzweifelten Bedürfnis nach einem ruhigen, friedlichen Leben, besitzt Kira den verheerenden Stand Killer Queen, der alles, was er berührt, in eine Bombe verwandeln kann. Seine Anwesenheit bereitet die Bühne für eine unentdeckte Bedrohung, die weitaus erschreckender ist als jeder Stand-Benutzer, dem sie bisher begegnet sind.