Die Anime-Serie "Ninja Scroll" (2003) ist eine Fortsetzung des gleichnamigen Films aus dem Jahr 1993 und spielt in einer fiktiven Version des feudalen Japans. Die Handlung dreht sich um Jubei Kibagami, einen wandernden Schwertkämpfer, der in eine Reihe von Konflikten mit mysteriösen Ninja-Clans und übernatürlichen Kräften verwickelt wird. Jubei ist ein pragmatischer und erfahrener Krieger, der sich oft widerwillig in die Angelegenheiten anderer hineinziehen lässt, aber stets von seinem eigenen Ehrenkodex geleitet wird.

Zu Beginn der Serie wird Jubei von der geheimnisvollen Kagero, einer Kunoichi mit der Fähigkeit, tödliche Gifte zu erzeugen, kontaktiert. Sie bittet ihn um Hilfe bei der Bekämpfung des Kimon-Clans, einer mächtigen Organisation, die dunkle Magie und verbotene Techniken einsetzt, um ihre Ziele zu erreichen. Der Kimon-Clan strebt nach der Kontrolle über Japan und nutzt dafür sowohl menschliche als auch dämonische Kräfte. Jubei und Kagero schließen sich zusammen, um den Clan zu stoppen, und werden dabei von weiteren Verbündeten unterstützt, darunter der junge und unerfahrene Tsubute, der Jubei bewundert und von ihm lernen möchte.

Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass der Kimon-Clan von einem mysteriösen Anführer namens Himuro Genma kontrolliert wird, der über übernatürliche Fähigkeiten verfügt und eine persönliche Verbindung zu Jubeis Vergangenheit hat. Jubei muss sich nicht nur mit den Bedrohungen des Kimon-Clans auseinandersetzen, sondern auch mit seinen eigenen inneren Dämonen und den Geheimnissen seiner Vergangenheit. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, Kämpfen zwischen rivalisierenden Ninja-Gruppen und der ständigen Bedrohung durch dämonische Wesen.

Die Serie besteht aus 13 Episoden, die eine Mischung aus Action, Drama und übernatürlichen Elementen bieten. Jubei Kibagami bleibt der zentrale Charakter, dessen Entwicklung und Beziehungen zu anderen Figuren, insbesondere zu Kagero und Tsubute, im Mittelpunkt stehen. Die Handlung ist linear aufgebaut, wobei jede Episode zur Gesamterzählung beiträgt und die Spannung bis zum finalen Konflikt mit dem Kimon-Clan steigert.