"Kujira no Kora wa Sajō ni Utau" spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit auf riesigen, schwimmenden Wesen, den sogenannten "Walen", lebt. Diese Wale dienen als schwimmende Städte, die über eine gefährliche, von Sand bedeckte Welt segeln. Die Bewohner der Wale sind in streng hierarchische Gesellschaften unterteilt, die von mysteriösen Regeln und Traditionen geprägt sind. Die Geschichte konzentriert sich auf den jungen Chakuro, der als Chronist auf dem Wal "Mud Whale" lebt. Chakuro dokumentiert das Leben und die Ereignisse auf dem Wal, während er gleichzeitig mit den Geheimnissen seiner eigenen Welt konfrontiert wird.

Der Wal Mud Whale ist eine isolierte Gemeinschaft, die von einer kleinen Gruppe von Menschen bewohnt wird, die über besondere Fähigkeiten verfügen, die als "Thymia" bezeichnet werden. Diese Fähigkeiten ermöglichen es ihnen, übernatürliche Kräfte zu nutzen, haben jedoch den Nachteil, dass ihre Lebensspanne stark verkürzt ist. Die Gesellschaft auf dem Wal ist in zwei Gruppen unterteilt: die "Markierten", die Thymia besitzen und eine kurze Lebenserwartung haben, und die "Unmarkierten", die keine Thymia besitzen und länger leben.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als Chakuro und seine Freunde auf eine geheimnisvolle junge Frau namens Lykos treffen, die von einem anderen Wal stammt. Lykos wird von einer Gruppe von Soldaten verfolgt, die einer mächtigen und autoritären Regierung angehören. Diese Begegnung führt dazu, dass die Bewohner des Mud Whale mit der Außenwelt konfrontiert werden und die Wahrheit über ihre eigene Existenz und die Natur ihrer Welt entdecken müssen. Die Ankunft von Lykos und die darauffolgenden Ereignisse zwingen die Bewohner des Mud Whale, sich mit Fragen der Freiheit, der Macht und der Moral auseinanderzusetzen.

Die Charaktere sind vielfältig und komplex, wobei Chakuro als neugieriger und empathischer Protagonist im Mittelpunkt steht. Lykos bringt eine neue Perspektive in die Geschichte, während andere Figuren wie Ouni, ein rebellischer und mächtiger Thymia-Nutzer, und die Anführerin der Gemeinschaft, Suou, die politischen und sozialen Spannungen innerhalb der Gruppe verdeutlichen. Die Serie erforscht Themen wie Isolation, Identität und die Konsequenzen von Macht, während sie die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Entwicklungen vertieft.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus politischen Intrigen, persönlichen Konflikten und mystischen Elementen, die die Welt der Wale und ihre Bewohner prägen. Die Serie kombiniert ruhige, nachdenkliche Momente mit intensiven, actionreichen Szenen, während sie die komplexe Dynamik zwischen den Charakteren und ihrer Umgebung untersucht.