Im Jahr 2048 ist die Erde von riesigen Kreaturen, darunter der legendäre Godzilla, überrannt worden. Die Menschheit steht vor der Auslöschung und beschließt, den Planeten zu verlassen, um eine neue Heimat zu finden. Nach einem gescheiterten Versuch, Godzilla zu besiegen, fliehen die Überlebenden ins All und suchen über zwei Jahrzehnte lang vergeblich nach einem bewohnbaren Planeten. Als die Ressourcen knapp werden und die Hoffnung schwindet, kehrt ein Teil der Menschheit, angeführt von Captain Haruo Sakaki, zur Erde zurück, um den Planeten zurückzuerobern.

Bei ihrer Rückkehr stellen sie fest, dass auf der Erde 20.000 Jahre vergangen sind und sich die Umwelt radikal verändert hat. Die Erde wird nun von einer neuen Ökologie dominiert, in der Godzilla als ultimativer Herrscher regiert. Die menschlichen Siedler, begleitet von zwei außerirdischen Rassen, den Exif und den Bilusaludo, bereiten sich darauf vor, Godzilla erneut zu bekämpfen. Haruo, der von Rache getrieben ist, entwickelt einen riskanten Plan, um die Kreatur zu besiegen, und setzt dabei auf fortschrittliche Technologie und Strategien.

Die Handlung konzentriert sich auf die Vorbereitungen und den Kampf gegen Godzilla, wobei die Spannungen zwischen den menschlichen Siedlern und ihren außerirdischen Verbündeten zunehmen. Haruos Entschlossenheit und sein Hass auf Godzilla treiben ihn an, doch seine Methoden und Entscheidungen werden zunehmend hinterfragt. Der Film endet mit einem dramatischen Konflikt, der die Zukunft der Menschheit und der Erde in Frage stellt, während Godzilla weiterhin als unbesiegbarer Gegner erscheint.