Der Oberschuldetektiv Shinichi Kudo besucht mit seiner Kindheitsfreundin Ran Mouri das Beika Aquarium. Ihr Ausflug hat einen doppelten Zweck: Es ist ein Date, aber sie nutzen die Zeit auch, um den "Aquarium Surprise Reunion Love Revival Operation"-Plan zu entwerfen, der Rans getrennt lebende Eltern, Kogoro Mouri und Eri Kisaki, wieder versöhnen soll. Die unbeschwerte Atmosphäre zerbricht, als Shinichi eine ungewöhnliche Spannung in der Menge spürt. Geführt vom schwachen Geruch von Blut bewegt er sich durch das Aquarium und entdeckt einen Mann, der tödlich in das Herz gestochen wurde.

Shinichi weist Ran sofort an, das Personal zu alarmieren und die Szene abzusichern. Inspektor Megure und seine Beamten treffen ein und finden den jungen Detektiv bereits als Leiter der Untersuchung vor, der das Handy des Opfers genutzt hat, um ihn schnell als Kunihiro Shumoto zu identifizieren. Durch die Untersuchung des Inhalts eines Kassenbons und des Parfümgeruchs auf der Schulter des Opfers schließt Shinichi, dass Shumoto mit seiner Freundin zusammen war. Er grenzt den Kreis der Verdächtigen auf drei Personen ein. Obwohl jeder Verdächtige Videoalibis vorlegt, entlarvt Shinichi Naho Ojiro als Mörderin, indem er zeigt, dass die Schwierigkeit, lange Fische wie Haie zu filmen, ihr Alibi-Video unglaubwürdig macht. Der entscheidende Beweis ist das Blut an ihrem Handschuh, das sie zu verbergen versuchte, indem sie ihn auf links drehte und dabei unbeabsichtigt seine Farbe veränderte.

Nach der Aufklärung des Falls gehen Shinichi und Ran vom Aquarium weg. Als es zu regnen beginnt, zieht Ran ihre Kapuze hoch, und ihr Handy fällt heraus und verschwindet in einem Abfluss. Shinichi gesteht, dass er das Handy zuvor dort platziert hatte, um eine Theorie zum Mord zu testen. Um den Verlust wiedergutzumachen, verspricht er, sie ins Tropical Land mitzunehmen. Noch immer verärgert stimmt Ran unter der Bedingung zu, dass Shinichi alles bezahlt und sie ihr nächstes Karateturnier gewinnt. Die Geschichte wechselt dann zu Shinichi, der im Voraus das Tropical Land erkundet, um den perfekten Tag zu planen. Bei Einbruch der Nacht hält er an einem Brunnen inne und beobachtet, wie Kaito Kuroba und Aoko Nakamori zusammen Eis essen – ein Moment, der eine schicksalhafte Kreuzung ihrer Leben markiert, bevor die Ereignisse ihn in Conan Edogawa verwandeln. Diese Spezialfolge dient als Prequel, das die letzten Tage von Shinichi Kudos ursprünglichem Leben noch einmal aufgreift und direkt in die ikonische erste Folge der Serie überleitet.