Unter den Schülern der Shinyo Academy kursiert eine urbane Legende: Boogiepop, ein Shinigami, der angeblich erscheint, um Menschen von ihrem Leid zu erlösen. Die Wahrheit ist jedoch seltsamer und spezifischer. Boogiepop ist eine Wächter-Entität, die in einem scheinbar gewöhnlichen Oberschulmädchen namens Touka Miyashita residiert und nur dann hervortritt, wenn die Welt einer übernatürlichen Bedrohung ausgesetzt ist.

Die Geschichte entfaltet sich in einer namenlosen japanischen Stadt, wo eine Reihe von Verschwinden weiblicher Schüler zunächst als Ausreißer abgetan wird. Nagi Kirima, eine Mitschülerin, die als Feuerhexe bekannt ist und ihre Zeit mit der Untersuchung von Mysterien verbringt, ahnt etwas weit Unheimlicheres. Ihre Instinkte bestätigen sich, als ein außerirdisches Wesen namens Echoes auf der Erde eintrifft, um die Fähigkeit der Menschheit zur Güte zu beurteilen. Gefangen genommen und von der Towa Organization, einer schattenhaften Gruppe, die sich der Gestaltung der menschlichen Evolution verschrieben hat, experimentell untersucht, wird Echoes geklont. Der Klon, eine menschenfressende Kreatur namens Manticore, bricht aus und beginnt, junge Mädchen zu jagen, wobei er die Gestalt seiner Opfer annimmt.

Die Serie ist als Anthologie von vier miteinander verbundenen Handlungsbögen strukturiert, die auf den originalen Light Novels basieren. Der erste Bogen, Boogiepop and Others, folgt dem Kampf gegen Manticore, der in dem Schüler Masami Saotome einen eifrigen menschlichen Komplizen findet. Während die Kreatur Schüler verschlingt und imitiert, zwingt ihre Spur der Zerstörung Boogiepop zum Handeln, unterstützt von einem Netzwerk aus Schülern, darunter Nagi, der Bogenschütze Shiro Tanaka und die Disziplinarkomitee-Vorsitzende Kei Niitoki.

Der zweite Bogen, VS Imaginator, verlagert den Fokus auf einen neuen Antagonisten, bekannt als der Imaginator. Diese Entität plant, die menschliche Psyche zu standardisieren, um alle Missverständnisse und Konflikte auszulöschen – ein Ziel, das sie in direkten Gegensatz zu Boogiepop und der Towa Organization bringt. Der dritte Bogen, Boogiepop at Dawn, dient als Prequel und beleuchtet den tragischen Ursprung von Boogiepop und Nagi Kirima. Er enthüllt die Ereignisse von fünf Jahren zuvor, die einen Serienmörder-Arzt, ein gestohlenes experimentelles Medikament und die Geburt der Wächter-Persönlichkeit in der jungen Touka Miyashita umfassen. Der letzte Bogen, Overdrive: The King of Distortion, kehrt zu Nebenfiguren aus der ersten Geschichte zurück und fängt sie in einem Turm ein, wo ein bizarres Phänomen als eine alternative Persönlichkeit, geboren aus ihrer eigenen Schuld, in Erscheinung tritt.

Erzählt durch eine nicht-lineare Erzählweise, die Ereignisse aus mehreren Perspektiven darstellt, erkundet Boogiepop and Others Themen wie Identität, freien Willen und die oft verschwimmende Grenze zwischen Normalität und Monstrosität, während ein Ensemble aus Schülern und übernatürlichen Wesen in einem Kampf um die Zukunft der Menschheit aufeinandertrifft.