Nach einem plötzlichen Stopp auf seinem Heimweg vom Convenience Store findet sich Subaru Natsuki in einer Fantasiewelt wieder. Desorientiert, aber überraschend ruhig, erkennt er schnell, dass er in ein Reich voller Magie, mittelalterlicher Kultur und Halbmenschen versetzt wurde. Seine anfängliche Begeisterung währt nur kurz, denn er wird bald von Schlägern angegriffen. Er wird von der wunderschönen silberhaarigen Halbelfe Emilia gerettet, die nach einem gestohlenen Insignium sucht. Dankbar hilft Subaru ihr, doch noch in derselben Nacht werden beide brutal ermordet.

Subaru erwacht dann wieder am Moment seiner Ankunft in der Stadt, lebendig und unversehrt, obwohl die Menschen, die er traf, sich nicht mehr an ihn erinnern. Nachdem er auf verschiedene Weisen noch mehrmals getötet wurde, begreift er seine einzigartige und schreckliche Fähigkeit: Return by Death. Diese Kraft schickt ihn bei seinem Tod zu einem „Checkpoint“ in der Zeit zurück, sodass er Ereignisse wiederholen kann, während er alle Erinnerungen an das Geschehene behält. Er stellt fest, dass er niemandem von dieser Kraft erzählen kann, ohne die Strafe zu erleiden, dass sein Herz zerdrückt wird.

Mit dem Wissen aus gescheiterten Schleifen rettet Subaru Emilia erfolgreich vor der anfänglichen Bedrohung. Sie bringt ihn zum Anwesen von Roswaal L Mathers, einem mächtigen Markgrafen und ihrem politischen Förderer in der Königswahl, um die nächste Herrscherin des Königreichs Lugnica zu werden. In der Villa trifft Subaru auf die Zwillingsmägde Rem und Ram und den sarkastischen, bibliotheksgebundenen Geist Beatrice. Als er sich in seinem neuen Leben als Butler einrichtet, entdeckt er, dass Bedrohungen das Anwesen plagen. Er ist gezwungen, wiederholt zu sterben und jedes Mal an seinem ersten Morgen im Anwesen aufzuwachen, um die Quelle eines Dämonenbefalls und eines Angriffs eines Schamanen aufzudecken. In diesen Schleifen erträgt Subaru immense physische und psychische Schmerzen und wird Zeuge des Todes derer, die ihm ans Herz gewachsen sind. Seine Beharrlichkeit rettet schließlich alle und verschafft ihm das tiefe Vertrauen von Rem, die sich in ihn verliebt, und einen wachsamen Respekt von ihrer Schwester Ram.

Subaru besteht dann darauf, Emilia zur Königswahlzeremonie in der Hauptstadt zu begleiten. Sein Verhalten dort ist katastrophal; getrieben von Stolz und einem fehlgeleiteten Heldentum demütigt er sich öffentlich und seine Verbündeten. Eine frustrierte Emilia bricht den Kontakt ab, da sie seine Handlungen nicht verstehen kann, da sie sich nicht an seine vorherigen Opfer erinnert. Am Boden zerstört und auf seinem Tiefpunkt hört Subaru, dass das Anwesen bedroht ist. Bei seiner Rückkehr findet er alle tot vor und wird getötet. Er gerät in einen verzweifelten Zyklus von Fehlschlägen, wird gebrochen und von Selbsthass erfüllt. An seinem Wendepunkt hält Rem eine kraftvolle Rede, weigert sich, ihn weglaufen zu lassen, und überzeugt ihn, „bei null anzufangen“. Erneuert nutzt Subaru seinen Verstand, schluckt seinen Stolz und schmiedet Allianzen, insbesondere mit dem Schwertmeister Wilhelm van Astrea und der Kandidatin Crusch Karsten. Gemeinsam schmieden sie einen Plan, um den Weißen Wal, ein legendäres Monster, und den finsteren Kultisten Petelgeuse Romanee-Conti vom Hexenkult zu besiegen und schließlich Emilia und die Bewohner des Anwesens zu retten.

Die Erzählung vertieft sich im Sanctuary, einem Dorf, das von der Hexe der Gier, Echidna, in einer Barriere gefangen ist. Subaru, Emilia und Rem reisen dorthin, doch Rem wird von einem neuen Erzbischof des Hexenkults aus der Existenz gelöscht, wobei alle Erinnerungen an sie erhalten bleiben, nur ihre physische Präsenz verschwindet. Subaru ist mit Emilia und dem Halbbestienjungen Garfiel im Sanctuary gefangen, während im Anwesen die Attentäterin Elsa angreift. Subarus Return by Death wird unzählige Male ausgelöst, während er versucht, alle an beiden Orten zu retten. Er betritt Echidnas Traumschloss, wo sie ihm einen Vertrag für Wissen anbietet. Er lehnt ab, nachdem er andere Hexen getroffen hat, die ihn vor ihren wahren Absichten warnen. Subaru erfährt, dass Roswaal, sein eigener Verbündeter, Tragödien inszeniert hat, indem er ein prophetisches Buch nutzte, um Subaru zu zwingen, stärker zu werden, und bereit war, alle zu opfern, um sein Ziel, Echidna wiederzubeleben, zu erreichen. Subaru zerstört Roswaals Buch und beendet dessen Voraussicht. Schließlich hilft er Garfiel, sich seiner Vergangenheit zu stellen, überzeugt Beatrice, einen Vertrag mit ihm zu schließen, und unterstützt Emilia dabei, ihre traumatischen Erinnerungen zu überwinden, um das Sanctuary zu befreien. Die Staffel endet mit der vereinten Gruppe, Subaru, der seine eigenen Schwächen akzeptiert hat, und Emilia, die entschlossen ist, als Kandidatin für den Thron voranzuschreiten, mit dem Versprechen, Subaru eines Tages zu sagen, dass sie ihn liebt.