Azumi, eines der letzten überlebenden Mitglieder eines jungen Attentäterkommandos, setzt ihre Mission fort, einen Bürgerkrieg im feudalen Japan zu verhindern. Gemeinsam mit ihrem einzig verbliebenen Kameraden Nagara wird sie von Ninjas gejagt, die von General Kanbei Inoue angeheuert wurden, der Rache für die Ermordung seines Meisters Kiyomasa Kato sucht. Nach einer kurzen Zuflucht in einem Tempel, in dem Nagara seine Wunden ausheilt, trifft Azumi auf einen Banditen namens Ginkaku. Er ist der Anführer einer abtrünnigen Gruppe und weist eine verblüffende Ähnlichkeit mit Nachi auf, einem Mitauszubildenden und engen Freund, den Azumi während ihrer Abschlussprüfung töten musste.

Die Attentäter begannen ihre Arbeit ursprünglich auf Befehl des Priesters Tenkai, der die verbleibenden Kriegsherren des Toyotomi-Clans ausschalten will, die das Land destabilisieren könnten. Ihr Hauptziel ist Masayuki Sanada, ein mächtiger Kriegsherr, der sowohl von einer Armee als auch von einem gefährlichen Clan von Elite-Ninjas, bekannt als die Uenokagashu, beschützt wird. Um ihnen zu helfen, weist Tenkai eine weibliche Regierungsninja namens Kozue an, Azumi und Nagara zu begleiten.

Während ihrer Reise wird Azumi von ihrer unerwarteten Bindung an Ginkaku zerrissen, der sie an das friedliche Leben erinnert, das sie hätte führen können. Nagara, von Kozue überzeugt, dass Azumi nicht länger als Attentäterin weitermachen möchte, beschließt, dass sie sich trennen sollten, damit sie mit dem Banditen ihr Glück finden kann. Doch Kozue entpuppt sich bald als Spionin für den Uenokagashu-Clan und fügt Nagara tödliche Wunden zu, als sie allein sind. Azumi entdeckt den Verrat und tötet Kozue, wobei sie schwört, die Mission allein zu vollenden.

Entschlossen, Sanada aufzuhalten, kämpft sich Azumi durch seine Truppen. Sie bekämpft Tsuchigumo, einen massigen feindlichen Ninja, der mit messerscharfen vergifteten Drähten kämpft, und schafft es, seine eigene Waffe gegen ihn zu wenden. Obwohl sie siegreich ist, wird Azumi von den Drähten geschnitten und fällt in eine lähmende Benommenheit. Sanadas Konkubine und die wahre Anführerin der Uenokagashu, Kunio, setzt zum finalen Schlag an. Ginkaku, der Azumi gefolgt war, greift ein und nimmt den tödlichen Stoß auf sich, fügt Kunio dabei tödliche Wunden zu, opfert sich jedoch selbst.

Trotz ihrer Verletzungen und ihrer Trauer erreicht Azumi Sanadas Lager. Sie fordert den Kriegsherrn zu einem Duell heraus und vereinbart, dass seine Truppen unabhängig vom Ausgang die Kämpfe gegen das Tokugawa-Shogunat einstellen werden. Azumi erschlägt Sanada im Kampf. Nachdem ihre Mission abgeschlossen ist, ignoriert sie eine Aufforderung, ihr Ziel preiszugeben, und verlässt schweigend das Schlachtfeld, allein in eine ungewisse Zukunft wandernd.