"Shugo Chara!! Doki" ist die zweite Staffel der Anime-Serie "Shugo Chara!" und setzt die Geschichte der Schülerin Amu Hinamori fort, die in der fiktiven Seiyo-Grundschule zur Schule geht. Amu ist ein Mädchen, das nach außen hin cool und distanziert wirkt, innerlich jedoch unsicher und schüchtern ist. Eines Tages entdeckt sie drei mysteriöse Eier in ihrem Bett, aus denen ihre "Shugo Charas" schlüpfen: Ran, Miki und Su. Diese Charas repräsentieren Amus wahre Wünsche und helfen ihr, ihre verborgenen Persönlichkeiten und Fähigkeiten zu entfalten. Durch die Charas kann Amu sich in verschiedene Formen verwandeln, die als "Character Transformation" bezeichnet werden, und so ihre Stärken nutzen.

In dieser Staffel wird die Handlung um die Organisation "Easter" fortgeführt, die versucht, die "Embryos" zu finden – magische Objekte, die die Wünsche der Menschen erfüllen können. Easter nutzt dazu "X-Eier", die aus den gebrochenen Herzen von Kindern entstehen, und versucht, diese in "X-Charas" zu verwandeln, um ihre Ziele zu erreichen. Amu und ihre Freunde, die Mitglieder des "Guardian"-Teams der Schule, setzen sich weiterhin gegen Easter ein, um die Herzen der Kinder zu schützen und die Embryos zu finden.

Ein zentraler neuer Charakter in dieser Staffel ist Tadase Hotori, der Anführer des Guardian-Teams und Träger des "Platin Royal"-Charas. Seine wahre Identität als Prinz des "Königreichs der Charas" wird enthüllt, und er spielt eine wichtige Rolle im Kampf gegen Easter. Auch Ikuto Tsukiyo, ein mysteriöser Junge mit Verbindungen zu Easter, bleibt eine Schlüsselfigur. Seine Beziehung zu Amu entwickelt sich weiter, wobei er zwischen Freund und Feind schwankt.

Die Staffel vertieft die Charakterentwicklung der Hauptfiguren und führt neue Herausforderungen ein, darunter die Konfrontation mit mächtigen Gegnern wie Utau Hoshina, Ikutos Adoptivschwester, die ebenfalls für Easter arbeitet. Die Handlung erkundet Themen wie Identität, Selbstfindung und die Kraft der Freundschaft, während Amu und ihre Freunde weiterhin gegen die Machenschaften von Easter kämpfen und versuchen, ihre eigenen Herzenswünsche zu verwirklichen.