In einer heruntergekommenen Tokioter Pension namens Maison Ikkoku lebt der arme Student Yusaku Godai unter einer Gruppe exzentrischer und lästiger Mieter. Der mysteriöse Mittvierziger Yotsuya ergötzt sich an Klatsch und Voyeurismus; die auffällige Akemi Roppongi arbeitet in einer örtlichen Bar und paradierte oft in Unterwäsche herum; und die alkoholkranke Hanae Ichinose stürmt zusammen mit ihrem kleinen Sohn Kentaro ständig zu Trinkgelagen in Godais Zimmer. Als Rōnin, ein Student, der seine Aufnahmeprüfungen für die Universität nicht bestanden hat, findet Godai es unmöglich, im Chaos zu lernen, und beschließt auszuziehen. Gerade als er gehen will, trifft die schöne und elegante junge Frau Kyoko Otonashi ein, um die neue Hausverwalterin zu werden. Godai verliebt sich sofort in sie und ändert umgehend seine Pläne.

Kyoko ist eine junge Witwe, die ihren Ehemann Soichiro, ihren ehemaligen Schullehrer, kurz nach der Hochzeit verloren hat. Sie trägt diese tiefe Trauer in sich und hält einen großen weißen Hund namens Soichiro als lebendige Erinnerung. Ihre Schwiegereltern, denen das Gebäude gehört, haben ihr die Stelle gegeben, um ihr zu helfen, nach vorne zu schauen. Godai, entschlossen, ihr Herz zu gewinnen, beschließt, sein Leben zu ändern und an einer guten Universität aufgenommen zu werden. Kyoko wiederum interessiert sich für seinen Erfolg und hilft ihm beim Lernen, wobei sie versucht, die anderen Bewohner davon abzuhalten, ihn zu stören. Ihre aufkeimende Beziehung wird jedoch durch das Auftauchen von Shun Mitaka kompliziert, einem gutaussehenden, wohlhabenden und charmanten Tennislehrer, der sich ebenfalls in Kyoko verliebt. Mitaka ist oberflächlich ein perfekter Gentleman, hat aber heimlich panische Angst vor Hunden, die Kyoko stets an ihrer Seite hat.

Die Geschichte folgt dem langen, frustrierenden und oft urkomischen Weg von Godai und Kyoko, während sie eine Reihe von Missverständnissen durchleben. Godai wird häufig mit der süßen und unschuldigen Kozue Nanao gesehen, einem Mädchen, das er bei einem Nebenjob kennengelernt hat, was Kyoko und Mitaka fälschlicherweise glauben lässt, sie sei seine Freundin. Später zieht Godai, während er sein Lehramtspraktikum an Kyokos ehemaliger Schule absolviert, die unerwünschte Aufmerksamkeit einer dreisten und frühreifen Schülerin namens Ibuki Yagami auf sich, die ihn aggressiv umwirbt. Jeder potenzielle Rivale unterstreicht nur die tiefen, unausgesprochenen Gefühle, die Godai und Kyoko füreinander hegen. Nach Jahren des Kampfes besteht Godai schließlich seine Prüfungen, schließt das College ab und sucht nach einem festen Job, während Kyoko langsam mit ihrer Vergangenheit abschließt und ihr Herz für die Möglichkeit einer neuen Liebe öffnet.

Der Schauplatz Maison Ikkoku selbst wird zu einer zentralen Figur, einem heruntergekommenen aber charmanten alten Mietshaus, das als Zufluchtsort für seine fehlerhaften aber liebenswerten Bewohner dient. Mit der Zeit werden die anfangs lästigen Nachbarn zu einer schrägen aber unterstützenden Familie, die Godai und Kyoko durch ihre Intrigen, Feiern und ständige Einmischung zusammenschubst. Die Handlungsstränge gipfeln darin, dass Godai endlich eine Lehrerstelle bekommt und Kyoko einen Heiratsantrag macht. Nachdem sie ihre anhaltenden Schuldgefühle und die Erinnerungen an ihren ersten Mann überwunden hat, nimmt sie an. Die Geschichte endet Jahre später mit dem Ehepaar, das mit seiner neugeborenen Tochter Haruka nach Maison Ikkoku zurückkehrt und damit den Kreis an dem Ort schließt, an dem ihre Liebesgeschichte begann.