"Mary and The Witch's Flower" ist ein Anime-Film, der auf dem Kinderbuch "The Little Broomstick" von Mary Stewart basiert. Die Handlung dreht sich um Mary, ein junges Mädchen, das sich in einem neuen Dorf langweilt und nach Abenteuern sucht. Eines Tages entdeckt sie im Wald eine mysteriöse blaue Blume, die als "Hexenblume" bekannt ist. Diese Blume verleiht ihr vorübergehend magische Kräfte und führt sie zu einer versteckten Zauberschule namens Endor College.

Mary wird von einer Katze namens Tib und einem Besen, der fliegen kann, zur Schule gebracht. Dort trifft sie auf die Schulleiterin Madam Mumblechook und den Wissenschaftler Dr. Dee, die von ihren neu entdeckten magischen Fähigkeiten beeindruckt sind. Sie wird als außergewöhnliche Schülerin gefeiert, doch Marys anfängliche Begeisterung schwindet, als sie die dunklen Geheimnisse der Schule entdeckt. Die beiden Erwachsenen nutzen die Hexenblume, um Experimente an Tieren durchzuführen, die in hybride Kreaturen verwandelt werden.

Mary erfährt, dass die Hexenblume nur vorübergehende Kräfte verleiht und ihre Magie bald verschwinden wird. Sie beschließt, die Schule zu verlassen und die gefangenen Tiere zu retten. Dabei trifft sie auf Peter, einen Jungen, der ebenfalls gegen die Machenschaften der Schule kämpft. Gemeinsam gelingt es ihnen, die Tiere zu befreien und die Pläne von Madam Mumblechook und Dr. Dee zu vereiteln. Am Ende kehrt Mary in ihr normales Leben zurück, bewahrt jedoch die Erinnerung an ihr magisches Abenteuer.

Die Geschichte verbindet Elemente von Fantasie, Abenteuer und Moral, wobei Marys Charakterentwicklung im Mittelpunkt steht. Sie beginnt als unsicheres Mädchen und wächst durch ihre Erfahrungen zu einer mutigen und entschlossenen Protagonistin. Der Film thematisiert auch die Verantwortung im Umgang mit Macht und die Bedeutung von Mitgefühl gegenüber anderen Lebewesen.