Geheimnisvolle riesige Strukturen, bekannt als Drachenschwänze, erscheinen plötzlich an ikonischen Orten auf der ganzen Welt, von New York bis Sydney. Das Keroro-Kommando, ein Team froschähnlicher Außerirdischer vom Planeten Keron mit der Mission, die Erde zu erobern, startet eine weltweite Untersuchung. Während ihrer Recherchen in Paris verschwindet das aufgeregte und jüngste Mitglied, Tamama, spurlos.

Die Suche führt den Rest des Kommandos – den ehrgeizigen Sergeant Keroro, den hitzköpfigen Corporal Giroro, den exzentrischen Sergeant Major Kululu und den ehrenhaften Lance Corporal Dororo – zur historischen Inselkommune Mont-Saint-Michel in Frankreich. Dort treffen sie auf ein mysteriöses junges Mädchen namens Shion, das ein mystisches Artefakt namens Drachenbuch bei sich trägt. Shion besitzt eine verborgene Kraft, die andere in Drachen verwandeln kann. Einer nach dem anderen verwandelt sie mit dem Buch Keroro und seine Kameraden in furchterregende, mächtige Drachen.

Shions Ziel ist weit gefährlicher als eine einfache Verwandlung. Sie will eine uralte, kolossale Kreatur namens Erd-Drache wiederbeleben, ein Wesen aus prähistorischer Zeit. Die Legende warnt, dass der Erd-Drache, sollte er zurückkehren, die gesamte Energie des Planeten absorbieren und davonfliegen wird, wodurch die Erde zu einer öden, leblosen Hülle wird. Während Shion glaubt, dass diese Wiederbelebung einem höheren Zweck dient, wäre das Ergebnis die völlige Vernichtung. Als sich das Keroro-Kommando selbst in die Monster verwandelt, die den Weltuntergang auslösen könnten, findet sich Keroro in einer unerwarteten Lage wieder: immense drachenhafte Macht zu erlangen, könnte endlich der Schlüssel zur Eroberung der Erde sein, aber um den Preis der Zerstörung der Welt, auf der er gerne lebt. Die Geschichte folgt ihrem Kampf gegen Shions Plan und dem Erwachen des Erd-Drachens, mit der Hilfe ihrer menschlichen Freunde Fuyuki und Natsumi Hinata, während sie einer weltweiten Katastrophe gegenüberstehen, die alles bedroht.