"Yu-Gi-Oh! Zexal II" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Geschichte um Yuma Tsukumo und seinen Partner Astral. Nachdem Yuma im ersten Teil die Barian-Welt entdeckt und gegen die Barians gekämpft hat, spitzt sich der Konflikt zwischen den beiden Welten – der menschlichen und der Barian-Welt – weiter zu. Die Barians, angeführt von Vector, streben danach, die Energie der Nummer-Karten zu nutzen, um ihre eigene Welt zu retten und die menschliche Welt zu zerstören. Yuma und Astral müssen ihre Zusammenarbeit stärken, um dies zu verhindern.

Im Zentrum der Handlung steht die Suche nach den verbleibenden Nummer-Karten, die sowohl Yuma als auch die Barians sammeln, um ihre Ziele zu erreichen. Yuma entwickelt sich weiter als Duellant und lernt, seine Fähigkeiten zu verbessern, während Astral nach seiner verlorenen Erinnerung sucht. Die Beziehung zwischen Yuma und Astral wird immer komplexer, da sie nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Konflikten und Zweifeln umgehen müssen.

Die Serie führt neue Charaktere ein, darunter die restlichen Mitglieder der Barian-Elite, die jeweils über einzigartige Fähigkeiten und Hintergründe verfügen. Diese Charaktere stellen Yuma und seine Freunde vor immer größere Herausforderungen. Gleichzeitig wird die Vergangenheit von Astral und der Ursprung der Nummer-Karten weiter aufgeklärt, was die Verbindung zwischen den beiden Welten und die wahren Absichten der Barians enthüllt.

Ein zentrales Thema ist der Kampf um die Rettung beider Welten, wobei Yuma und seine Freunde versuchen, eine friedliche Lösung zu finden, anstatt auf Zerstörung zu setzen. Die Serie kombiniert actionreiche Duelle mit emotionalen Momenten, die die Entwicklung der Charaktere und ihre Beziehungen zueinander beleuchten. Am Ende steht ein epischer Showdown, der das Schicksal beider Welten entscheidet und Yumas Reife als Duellant und Mensch unterstreicht.