"Bubblegum Crisis" spielt in einer futuristischen Version von Tokio, die nach einem verheerenden Erdbeben im Jahr 2032 wiederaufgebaut wurde. Die Stadt ist geprägt von Hochtechnologie, aber auch von sozialen Ungleichheiten und Korruption. Eine zentrale Bedrohung bilden die sogenannten "Boomer", humanoide Roboter, die von der mächtigen Genom Corporation hergestellt werden. Diese Roboter, ursprünglich als Arbeitskräfte entwickelt, geraten häufig außer Kontrolle und verursachen Chaos in der Stadt.

Die Handlung konzentriert sich auf die Knight Sabers, eine Gruppe von vier Frauen, die mit High-Tech-Anzügen ausgestattet sind und gegen die außer Kontrolle geratenen Boomer kämpfen. Die Gruppe besteht aus Priss Asagiri, einer rebellischen Rockmusikerin, Sylia Stingray, der intelligenten und geheimnisvollen Anführerin, Linna Yamazaki, einer ehemaligen Fitness-Trainerin, und Nene Romanova, einer jungen Hackerin mit einem spielerischen Charakter. Jede der Frauen bringt einzigartige Fähigkeiten in das Team ein, und ihre Missionen führen sie oft in gefährliche Konflikte mit der Genom Corporation und anderen kriminellen Elementen.

Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und Cyberpunk-Elemente, wobei die Knight Sabers nicht nur gegen Boomer kämpfen, sondern auch in politische Intrigen und persönliche Konflikte verwickelt werden. Die Genom Corporation, angeführt von dem undurchsichtigen Brian J. Mason, spielt eine zentrale Rolle als Antagonist, während die Knight Sabers immer wieder mit moralischen Dilemmata und der Frage konfrontiert werden, wie weit sie gehen dürfen, um ihre Ziele zu erreichen.

Die Handlung ist episodisch aufgebaut, wobei jede Folge eine neue Bedrohung oder Mission behandelt, während gleichzeitig langsam Hintergrundinformationen über die Charaktere und die Welt enthüllt werden. Themen wie Technologie, Machtmissbrauch und die Beziehung zwischen Mensch und Maschine werden durch die Handlung und die Interaktionen der Charaktere erforscht. Die Serie bietet eine Mischung aus intensiven Actionsequenzen und Momenten der Charakterentwicklung, die die Motivationen und Beziehungen der Knight Sabers vertiefen.